Родился в Миринах — Малоазийской области Эолиды, сын ритора Мемнония. Позже семья переселилась в Константинополь. Первоначальное образование получил в Александрии, потом в Константинополе, где посвятил себя юридической карьере. Кроме адвокатской деятельности, посвящал свои досуги работам по литературе и поэзии, преимущественно эротической, издав их в сборнике «Лавровые книги» (греч. ????????? ??????), известные по 101 эпиграмме, сохранившимся в составе Палатинской антологии (лат. Anthologia Palatina). Кроме того, собрал под заглавием «Круг» (греч. ??????) стихотворения современных ему поэтов со включением своих; от этого собрания осталось только предисловие. Агафий считается мастером эпиграммы — жанра, возродившегося в эпоху Юстиниана и, в силу своей лапидарности, требующего особого поэтического мастерства.
После тридцати лет Агафий от поэзии обратился к жанру хроники, написав труд «О царствовании Юстиниана» в пяти книгах, продолжающий исторические работы Прокопия Кесарийского. В предисловии к своему сочинению Агафий описывает побудившие его к написанию хроники мотивы:
Исторический труд Агафия написан под сильным влиянием Прокопия Кесарийского, однако если Прокопий заботится прежде всего о строгости и достоверности деталей повествования, то Агафий большее внимание уделяет стилю и философским отступлениям. Сочинение Агафия охватывает период времени с 552 по 558 г. и содержит описания войн с готами, вандалами, франками и гуннами, а также персидских войн и является ценным источником информации по истории, религии и этнографии современного ему периода. Так, сочинение Агафия содержит сведения о декрете Юстиниана о закрытии Платоновой (точнее, неоплатонической) Академии в Афинах в 529 г. — эта дата во многих работах считается событием, завершающим период античности и знаменующим начало средневековья.