Святой Русской православной церкви, почитается в лике преподобных, память совершается (по юлианскому календарю) 1 июня и 28 сентября (Собор преподобных отцов Киево-Печерских Ближних пещер).
Согласно Киево-Печерского патерика Агапит был родом из Киева, принял монашеский постриг в Киево-Печерском монастыре ещё при жизни преподобного Антония (т.е. не позднее 1073 г.).
Агапит, считающийся первым лекарем (врачом) Киевской Руси, прославился своей безвозмездной помощью больным, приобрёл большую известность исцелением труднобольных посредством молитвы и зелья, которое принимал сам и давал больному. Согласно жития, исцелил черниговского князя — Владимира Мономаха.
Имевший большую практику и враждовавший с Агапитом врач-армянин не мог распознать даваемые Агапитом зелья, но увидев многие исцеления посредством молитвы, перешёл в православие и принял монашество. Мощи Агапита почивают в Антониевых (Ближних) пещерах Киево-Печерской лавры.
Местная канонизация Агапита относится ко времени составления Киево-Печерского патерика (первая треть XIII века), общецерковное почитание началось после разрешения Святейшего Синода во второй половине XVIII века включать в общецерковные месяцесловы имена ряда киевских святых. Однако в современном Типиконе РПЦ память преподобного Агапита не отмечена.