В 1951 году закончил исторический факультет Азербайджанского государственного университета. Работал вначале научным сотрудником в Институте истории Национальной академии наук Азербайджана, затем в Азербайджанском политехническом институте, а с 1953 года в Азербайджанском медицинском университете. В 1973 году он занял должность заведующего кафедрой экономики и основ права Медицинского университета.
Основное направление его научной деятельности занимала роль реформ в социально-экономическом развитии Азербайджана, а также изучение актуальных проблем повышения уровня жизни населения. Агиль Алиев автор около 130 опубликованных научных работ, 16 из которых были опубликованы за рубежом. Агиль Алиев являлся действительным членом Международной Эко-энергетической академии.
Скончался 7 марта 2006 года в Баку. Похоронен на Аллее почётного захоронения.