Отец Агнес, Адольф Мигель, был коренным немцем-пруссаком и занимался торговлей. Предки матери (Хелена Мигель, урождённая Хофер) происходили из Зальцбурга, но были вынуждены покинуть его и обосноваться в Пруссии в 1743 году из-за религиозных гонений (они были протестантами).
Агнес родилась и провела детство в Кнайпхофе — расположенном на острове районе Кёнигсберга. Позднее узкие улочки острова и доминирующая над ними громада кафедрального собора отозвались в её творчестве.
Литературный успех пришёл к поэтессе в 1907 году, с выходом её второй книги стихов «Баллады и песни». Основной темой творчества Агнес была Восточная Пруссия — её природа, быт, история, фольклор.
Поэтесса откликнулась на трагедию Первой мировой войны стихотворением «У садовой ограды». Возможно, две соседки, беседующие о своих погибших сыновьях символизируют Россию и Германию.
В 1916 году Мигель получает литературную премию имени Генриха Клейста. В 1924 году она стала почётным доктором Кёнигсбергского университета.
В 1933 году Мигель вместе с 87 другими германскими литераторами подписала так называемую «Клятву верности» (нем. Gel?bnis treuester Gefolgschaft) пришедшему к власти в Германии Адольфу Гитлеру и в дальнейшем поддерживала нацистское руководство страной. В 1939 году Мигель вступила в НСДАП; в том же году ей было присвоено звание почётного гражданина Кёнигсберга с пожизненным правом бесплатного проживания в городе.
27 февраля 1945 года она, вместе со многими другими беженцами, покинула прусскую родину — как оказалось, навсегда.
И после войны творчество поэтессы оставалось посвящено Пруссии. О горечи потери родины говорят написанные ею строки: «Остров… Герб мой… Судьба… Начало… Все имела — и потеряла».
Агнес Мигель скончалась 26 октября 1964 года. В последний путь её пришли проводить более тысячи человек.