Родилась близ Андекса около 1175 года. После смерти Изабеллы де Эно король Филипп II Август вновь женился 14 августа 1193 года на Ингеборге Датской, но по необъяснимым причинам отверг её после первой брачной ночи, и заставил аннулировать брак на ассамблее епископов 5 ноября 1193 года.
13 марта 1195 года папа Целестин III объявил решение ассамблеи незаконным, однако, несмотря на это, Филипп II женился 1 июня 1196 года на Агнессе Меранской.
Целестин III умер 8 января 1198 года, так и не сумев заставить короля подчиниться своей воле. Его преемник Иннокентий III также поддерживал претензии Ингеборги настаивавшей, что именно она законная жена короля Франции, и по причине кровного родства между Филиппом и Агнессой — прадед Филиппа, Энгельберт II Истрийский и прапрабабка Агнессы, Ришардис, были братом и сестрой. После безрезультатных переговоров Иннокентий III наложил 13 января 1200 года на Францию интердикт.
Филипп II сделав вид, что подчинился желанию папы, вернул Ингеборгу ко двору. 7 сентября 1200 года на ассамблее епископов в замке Святого Легера в Неле Филипп сообщил, что интердикт снят. Затем он заключил Ингеборгу в замок Дурдан и вернул Агнессу. В марте 1201 года церковный собор в Суассоне потребовал от Филиппа Августа соблюдение брака с Ингеборгой.
20 июля 1201 года Агнесса Меранская скончалась при родах третьего ребенка, который умер вскоре после своего рождения. Дочь и сын короля от Агнессы — Филипп и Мария были узаконены папой по просьбе французского короля 2 ноября 1201 года.
Агнесса была похоронена в королевском аббатстве Святого Корентина, в пятнадцати километрах к югу от Манта. Её кончина причинила королю огромную боль, так как он очень её любил.