Агостино собирался стать ювелиром, но поддался уговорам своего двоюродного брата Лодовико Карраччи и стал художником. Он учился живописи у Просперо Фонтаны, Бартоломео Пассеротти и Доменико Тибальди, путешествовал по Ломбардии и побывал в Венеции. Большое влияние на становление Агостино как художника оказал его двоюродный брат, художник Лодовико Карраччи. Обладая большою начитанностью, в организованной братьями Карраччи Академии degli Incamminati лекции по теории искусства. Его немногочисленные живописные произведения (лучшие из них — фрески в Палаццо Фарнезе в Риме, выполненные вместе с братом Аннибале, «Причащение св. Иеронима» и «Вознесение Богородицы» в Болонской пинакотеке) отличаются правильностью рисунка и светлым, весёлым колоритом.
Агостино был более известным гравёром, чем его брат Аннибале. Подражая Корнелису Корту, он достиг больших высот в мастерстве гравирования. Наиболее известные из его гравюр: «Распятие» (с Тинторетто, 1589), «Эней и Анхис» (с Бароччио, 1595), «Богородица с Младенцем» (с Корреджо), «Искушение св. Антония», «Св. Иероним» (с Тинторетто), а также некоторые гравюры с собственных работ. Агостино Карраччи получил известность благодаря своим гравюрам эротического содержания, т. н. Позы Аретино.