В отборочных играх к ЧМ-2002 года он стал лучшим бомбардиром (9 голов), вместе с аргентинцем Эрнаном Креспо. Его значимость для сборной была настолько велика в тот момент, что он принял решение играть на турнире с незалеченной травмой и забил первый в истории гол сборной Эквадора в финальных стадиях чемпионатов мира. Однако последствия этого решения оказались плачевными: большую часть карьеры в английском «Саутгемптоне» Агустин провёл «в лазарете».
После возвращения в Эквадор и небольшого вояжа в Мексику Дельгадо постепенно стал восстанавливать свою форму. С 2006 года выступает в лучшем клубе Эквадора последних лет — ЛДУ. В конце 2006 года за инцидент с дракой на поле 17 декабря его, в числе других футболистов, дисквалифицировали на год, но затем уменьшили срок до полугода.
В 2008 году Дельгадо стал победителем Кубка Либертадорес в составе ЛДУ, хотя его роль в команде уже не была столь значима, как в прежние годы. В январе 2009 года было объявлено о переходе Дельгадо в клуб «Эмелек».