Ахмед-бек Агаев родился в 1865 году в городе Шуша в аристократической семье. По традициям своего рода получил богословское образование, знание арабского и фарси. Начальное образование он получает в Шушинском лицее. После получения русского среднего образования в Тифлисской гимназии, в 1887 году Ахмед-бек продолжает обучение в Петербургском политехническом институте. В 1888 году он переезжает в Париж и учится в Школе восточных языков Колледж де Франс (Сорбонна). Одновременно он пишет статьи в исламоведческих и политических изданиях. Агаев становится корреспондентом по Персии в знаменитом французском политическом издании «Журналь де Деба». В 1894 году Ахмед-бек участвует в IX Востоковедческом конгрессе в Лондоне, где выступает с анализом религиозной жизни Ирана и рассказом об Салмане Паке. Ранние работы Агаев в основном имели про-Иранскую и анти-Оттоманскую направленность, изначально Агаев считал, что Иран должен возглавить мусульманский мир. В своих статьях Ахмед-бек Агаев призывает мусульманский мир вернуться к идеям прогресса и творческого духа первых веков хиджры, когда мусульманский мир отличало безграничное интеллектуальное соревнование.
В 1894 году вернувшись в Карабах, Ахмед-бек Агаев преподает французский язык в реальном училище города Шуша. В 1897 году переехав в Баку, он продолжает свою педагогическую работу и издает газету «Каспий». С января 1904 года Агаев становится одним из редакторов газеты «Хаят». Также участвует в создании ряда газет, таких как «Иршад» в 1905 году и «Тарагги» в 1908 году. В так называемом "Азербайджане" Агаев начал эволюционировать в нацистском направлении Пантюркизма, что особенно выразилось в его статьях в газете «Каспий». Ахмед-бек Агаев также занимается литературной критикой, публикацией ряда статей о литературе, театре. Им были написаны: «Сочинения Гаджи Сеида Азима», «Отелло Шекспира», «Разбойники Шиллера», «Горький и мусульманство», «Татарин Аслан» из пьесы Горького «На дне».
Во время российской революции 1905—1907 годов Ахмед-бек становится одним из лидеров общественного движения. 8 апреля 1905 года на квартире отца политического движения российских мусульман Габдеррашида Ибрагима в Петербурге собрались Гаяз Максудов, Ибниамин Ахтямов из Уфы, Ахмед-бек Агаев, Алимардан-бек Топчибашев, Али-бек Гусейнзаде. Они приняли решение о создании единого Духовного управления для всех мусульман России. Агаев был одним из активных участников I Всероссийского мусульманского съезда, прошедшего в Нижнем Новгороде 15 августа 1905 года, в ходе которого был создан союз Иттифак аль-Муслимин. В октябре 1905 года он работает над созданием программы мусульманской партии. Возглавляемая Агаевым газета «Иршад» быстро достигает тиража в 3 000 экземпляров и превращается в одну из самых популярных азербайджанских газет.
В 1909 году Ахмед-бек переезжает в Турцию, где активно участвует в нацистском движении младотурков, работая в среднем эшелоне правительственного аппарата и продолжая журналисткую работу по очернению национальных меньшинств в турецких газетах. Его статьи выходят в журналах «Тюрк йорду» и «Тарджеман и-хакикат». Он призывает тюркские народы к резне людей других национальностей и нацизму, как единственных способов обеспечить создание сильного государства. В 1911 году он выдвинул теорию об аналогичности процесса создания тюркской нации российских мусульман с созданием наций-государств в Европе. Важнейшими процессами, приведшими к единству мусульманских народов России, Ахмед-бек считал культурное и языковое единство и создание классов внутри общества российских мусульман. В 1915 году он входит в состав созданного «Комитета по защите прав тюрко-татар мусульман России». Вначале Комитет требовал восстановления представительства всех мусульман в Государственной думе, религиозной автономии, создания национальных светских школ и права для татар владеть недвижимостью в Туркестане. В мае 1916 года этот Комитет объединяется с «Лигой коренных народов России».
Летом 1918 года Агаев назначается советником командующего Кавказской исламской армией Нури Паши и в этом качестве прибывает в Азербайджан. После вывода турецких войск из Баку в конце 1918 года, он остается в Азербайджане. В 1919 году Ахмед-бек являлся одним из членов азербайджанской делегации Парижской мирной конференции. Однако на пути в Париж, его арестовывают в Стамбуле, оккупировавшие Стамбул британские власти, которые считали, что он слишком тесно связан с лидерами поднимавшегосая движения за освобождение Турции. Его ссылают на Мальту, после возвращения из которой в 1921 году Ахмед-бек становится редактором официального органа анкарского правительства — газеты «Хакимиет-и-миллие». Позже он становится директором главного управления прессы. Ахмед-бек был избран депутатом Великого национального собрания Турции от Карса.
У Ахмед-бека Агаева было 7 детей. Первые двое - Везир и Башир умерли ещё в младенчестве. Остальные - Сурая, Тезер(Тезе-ханум), Абдуррахман, Самед и Гюльтекин - получили известность в Турции.