Альберт Гюнтер родился в Эсслинген-на-Неккаре в Швабии, (Вюртемберг). Изучал богословие в Берлине и Бонне. В Тюбингене Гюнтер изучал медицину. Получил докторскую степень за исследование рыб Неккара (1853)).
В 1857 году Гюнтер переселился в Лондон и стал ассистентом при зоологическом отделении Британского музея, занимался ихтиологией, а после смерти Джона Эдуарда Грея в 1875 стал директором этого отделения (занимал должность до 1895 года).
В 1865 г. Гюнтер основал ежегодное издание Records of zoological litterature, первые 6 тт. которого издал сам. Главная работа Альберта Гюнтера — восьмитомный «Каталог рыб» (англ. Catalogue of Fishes, (1859—1870)). Также он изучал рептилий и амфибий из музейной коллекции.
Гюнтер был избран в члены Королевского Общества в 1867 году и был его вице-президентом в 1875—1876 годах. Почти сорок лет (1868—1905) он входил в совет Зоологического Общества. В 1877 году он был избран в члены Линнеевского Общества, и был его президентом в 1896—1900 годах. Получил британское гражданство в 1874 году. Гюнтер умер 1 февраля 1914 года в Кью (англ. Kew Gardens, тогда в Суррее, здесь находятся Королевские ботанические сады).
Кроме многочисленных статей в специальных изданиях, Гюнтер написал: