Родился в Шёнау в католической семье. Во время Первой мировой войны служил в армии, сражался на Западном фронте, награждён Железными крестами 1-го и 2-го класса.
После окончания войны некоторое время изучал политические науки в университете. Был членом фрайкора, участвовал в Капповском путче.
Во время французской оккупации Рура в 1923 году возглавил партизанский отряд, устраивавший диверсии на железных дорогах. Пустил под откос несколько французских поездов. Был арестован французскими властями, обвинён в шпионаже и саботаже и 7 мая 1923 года приговорён военно-полевым судом к смертной казни. Казнён 26 мая 1923 года.
Вскоре после смерти Шлагетера Рудольф Хёсс при помощи Мартина Бормана убил Вальтера Кадова, который, как они подозревали, выдал Шлагетера. За это Хёсс был осуждён на 10 лет тюрьмы, а Борман — на 1 год.