Родилась 6 марта 1955 года в Торонто, в семье рабочих. В 16 лет оставила учёбу в средней школе Торонто ради работы в труппе местного театра.
Ватсон получила первую роль в 19 лет в фильме под названием Honor Thy Father. В начале своей карьеры она сыграла роль Митци в фильме Георга Кацендера In Praise of Older Women (1978), за которую получила номинацию на премию Джини (англ. Genie). Через год, в 1979 она получила награду Best Actress на Yorkton Film Festival за «Exposure».
Ватсон жила в Нью-Джерси восемь лет вместе с мужем. Однако позже они развелись. Затем она вернулась в Торонто и сосредоточилась на поиске ролей в независимых фильмах. Она работала с режиссёром Коллин Мёрфи в фильме Shoemaker (1996), за который она снова была номинирована на Джини (англ. Genie).
Среди наиболее известных ролей Альберты Ватсон — Сьюзен Айбелли в американском фильме 1994 года «Раскрепощение» (англ. Spanking the Monkey), Лорен Мёрфи в культовом фильме 1995 года «Хакеры» (англ. Hackers), и Риза в канадском фильме 1997 года, номинированном на Оскар «Славное будущее» (англ. The Sweet Hereafter), режиссёра Атома Эгояна.
Одной из самых известных ролей актрисы стала роль Мэдлин в сериале «Её звали Никита» (1997—2001). Этот сериал приобрёл огромную популярность по всему миру.
Во время второго сезона сериала, в 1998 году, у Ватсон диагностировали лимфому, для лечения которой ей пришлось проходить курс химиотерапии.
В 2005 году Ватсон снялась в сериале 24, она сыграла роль Эрин Дрисколл в течение 12 серий четвёртого сезона сериала.
В 2007 и 2008 годах Ватсон играла второстепенную роль министра в канадском сериале The Border.
В 2011 Альберта Ватсон сыграла в последнем эпизоде нового сериала Никита (2010). Актриса появилась в роли сенатора.
Во втором сезоне сериала Никита (2010) выяснилось, что героиню Ватсон тоже зовут Мэдлин (как и в предыдущей экранизации «Её звали Никита» (фр. La femme Nikita)), после чего многие поклонники обоих сериалов построили гипотезу о том, что это одна и та же героиня.
1978 — Etrog (номинация) — Лучшая актриса второго плана — In Praise of Older Women (1978)
1997 — Gemini (номинация) — Лучшая актриса в главной роли — Shoemaker (1996)
1997 — NBR Award (National Board of Review) — Лучший актёрский состав — Светлое будущее (англ. The Sweet Hereafter), (1997)
1998 — Gemini (номинация) — Лучшая актриса второго плана в драме или минисериях — Её звали Никита (1997), серия «New Regime»
2001 — Gemini (номинация) — Лучшая актриса в главной роли в драме или минисериях — After the Harvest (2001)
2003 — Gemini (номинация) — Лучшая актриса в главной роли в драме или минисериях — Chasing Cain: Face (2002)
2005 — Gemini (номинация) — Лучшая актриса второго плана в драме или минисериях — Choice: The Henry Morgentaler Story (2003)
2008 — Chlotrudis Awards — награда за карьерные достижения
2011 — Gemini — Лучшая приглашённая актриса в драматическом сериале — Heartland (Where The Truth Lies)