C 1885 по 1906 год Пенк был профессором Венского университета, затем, с 1906 по 1927 год — профессором университета Гумбольдта (Берлин) до 1926 года. До 1918 года он также руководил институтом и музеем океанографии. Пенк посвятил себя изучению геоморфологии и климатологии и поднял венскую школу физической географии на международный уровень. С 1928 года преподавал в немецком университете Карла-Фердинанда в Праге.
В 1886 году Пенк женился на сестре Людвига Гангхофера — известного баварского писателя. Их сын — Вальтер Пенк стал известным географом и геоморфологом. Альбрехт Пенк умер в Праге 7 марта 1945. В память о нём известный немецкий художник и скульптор Ральф Винклер взял псевдоним А. Р. Пенк (A. R. Penck).
Пенк изучал проблемы оледенения и геоморфологии (особенно в Альпах), работал в экспедициях в горах Испании, северного Марокко, Канады, Австралии, Китая, Японии и в ряде других районов. Является автором пионерской классификации климатов. Соавтор (вместе с Э. Брикнером) концепции древнего оледенения (1909). Именно они предложили подразделять ледниковый период на эпохи: гюнц, миндель, рисс, вюрм.