Алехандро Ходоровски родился 7 февраля 1929 года в чилийском городе Токопилья в семье еврейских иммигрантов из Украины и Белоруссии Хаима Ходоровски Гройсмана и Сары Фелисидад Пруллански Аркави.
В конце 40-х — начале 50-х годов входил в движение, объединяющее молодые таланты. Наряду с Ходоровски в него входили Хосе Доносо, Энрике Лин, Хорхе Эдвардс. В это же время организовал театр мимов, который давал представления в Экспериментальном театре Университета Чили.
В возрасте 23 лет Алехандро Ходоровски покидает Чили. В 1962 году вместе Фернандо Аррабалем и Роланом Топором основывает движение «Паника» (с намёком на бога Пана), провозглашающее своими тремя началами ужас, юмор и одновременность.
Карьеру режиссера он начинает в Мексике, снимая в 1967 году фильм «Фандо и Лис» по мотивам одноименной пьесы Фернандо Аррабаля. Показ картины на фестивале в Акапулько спровоцировал крупные беспорядки, режиссёру пришлось сбежать с него, спасаясь от разъяренных зрителей.
Второй фильм Ходоровски, сюрреалистический и экзистенциальный вестерн «Крот», был снят в 1970 году и сразу же стал культовым. «Крот» принес Ходоровски мировую известность, благодаря которой Джон Леннон посредством своего продюсера Аллена Кляйна, предложил финансировать его следующий проект, которым стал фильм «Святая гора», снятый в 1973.
В это время наступает затишье в деятельности Ходоровски как режиссёра. Он переезжает в Париж, где долгое время работает мимом в труппе Марселя Марсо.
Более пяти лет он подготавливает один из своих самых амбициозных проектов — экранизацию романа «Дюна». Ходоровски приглашает участвовать в фильме Орсона Уэллса и Сальвадора Дали. Над художественным оформлением работает французский художник Жан «Мёбиус» Жиро, над декорациями — Ганс Гигер, над музыкой — «Pink Floyd». Однако фильм так и не был снят — из-за постоянных переносов начала съемок продюсеры отказались от проекта. Оставшиеся от него более чем 3000 рисунков легли в основу комикса «El Incal».
В 1980 году Ходоровски снимает в Индии фильм «Бивень».
В 1989 году после длительного перерыва он возвращается к работе в кино и снимает в Мексике фильм «Святая кровь», над сценарием к которому он работал 6 лет.
В 1990 против своей воли он снимает свой самый коммерческий фильм — «Похититель радуги», один из самых больших провалов Ходоровски.
В 2000 году Ходоровски получил премию имени Джека Смита за вклад в кинематограф на чикагском фестивале андерграундного кино. На фестивале, который посетил режиссёр, были показаны его фильмы «Крот» и «Святая гора», однако, до последнего момента не было ясно позволят ли власти показ этих картин с неясным легальным статусом.
Из-за конфликта с Алленом Кляйном, владеющим правами на фильмы «Крот» и «Святая гора» — эти картины официально не издавались. Однако в 2005 году разногласия были улажены и было объявлено о подготовке этих фильмов к выпуску на DVD.
В 2007 году бельгийский театр «Пуан Зеро» поставил написанную специально для него Ходоровским пьесу «Школа чревовещателей», которая имела большой и отчасти скандальный (как и всё остальное творчество Ходоровски) успех в Европе.
На русском языке выходили: