Создал систему учёта времени (тайм-менеджмента), которой пользовался в течение 56-и лет (с 1916 по 1972 годы).
Владел несколькими языками: английским, немецким, итальянским, французским, причём первые два изучил в транспорте.
Себя аттестовал дилетантом, чем частично реабилитировал это слово.
Поддерживал обширную переписку со многими выдающимися учёными и мыслителями. Активно затрагивал философские проблемы во множестве своих трудов, многие из которых не были и не могли быть ввиду их критического содержания опубликованы при жизни учёного. Философская позиция Любищева тяготеет к холизму и к взглядам Платона. Ещё в 1923 он ввёл представление о естественной системе. Он предполагал, что свойства организма всецело определяются его положением, местом в естественной системе. С общих позиций критиковал эволюционное учение Дарвина. Стремился обосновать точку зрения, согласно которой для естественных наук наиболее плодотворна философия Платона. Особый акцент делал на важности математических методов в науке вообще и биологии в частности. Прекрасный полемист, Любищев противодействовал торжеству идей Лысенко и его последователей.
Умер в Тольятти, куда приехал прочесть ряд лекций. В ноябре 1989 года останки ученого перезахоронили на территории Института экологии Волжского бассейна.
В память об А.А. Любищеве с 1987 г. проводятся ежегодные "Любищевские чтения" в Ульяновском государственном педагогическом университете имени И. Н. Ульянова.
При жизни он опубликовал около 70-ти научных работ. Среди них классические работы по дисперсионному анализу, по таксономии, то есть по теории систематики, по энтомологии — работы, широко известные и переведённые за границей.
Всего же им написано более 500 листов (12,5 тыс. страниц машинописного текста) разного рода статей и исследований: работы по систематике земляных блошек, истории науки, сельскому хозяйству, генетике, защите растений, философии, энтомологии, зоологии, теории эволюции, атеизму.
Свои исследования в области систематики он обычно проводил на материалах собственной коллекции земляных блошек — мелких листоедов (Chrysomelidae) подсемейства Alticinae (ранее — Halticinae). Непосредственно этим жукам посвящена только одна из прижизненных публикаций Любищева (1963), остальные работы (монография по земляным блошкам Киргизии, статья о классификации земляных блошек рода Haltica (=Altica) и др.) остались пока неопубликованными.
А. А. Любищев был активным и непримиримым критиком лысенковщины. В частности, им был написан подробный и обширный труд «О монополии Т. Д. Лысенко в биологии» (издан в 2005 году), главы из которого были посланы им в ЦК КПСС и сопровождались письмами, адресованными Н. С. Хрущёву.