После трёх сезонов, проведённых за «Серветт», Александр был куплен французским клубом «Ренн» за 1,5 миллиона евро.
На чемпионате Европы 2004 Фрай не забил ни одного гола и был замешан в скандале с полузащитником сборной Англии Стивеном Джеррардом. Фрай плюнул ему в шею, за что был отстранён от игр на чемпионате на 15 дней.
Фрай стал лучшим бомбардиром чемпионата Франции в сезоне 2004/05, забив 20 мячей, и в том же сезоне стал лучшим игроком Швейцарии.
29 июня 2006 года Фрай подписал контракт с дортмундской «Боруссией», которой его трансфер обошёлся приблизительно в 5 миллионов евро.
19 июля 2009 года официально представлен игроком швейцарского «Базеля». Сумма трансфера составила 4,25 миллиона евро. Решающую роль в переходе Фрая в «Базель» сыграло желание самого футболиста продолжить карьеру в родном для себя клубе.
Является лучшим бомбардиром сборной Швейцарии за всё время. 4 ноября 2010 года Александр объявил о завершении карьеры в сборной. Причиной тому стали непрекращающиеся оскорбления со стороны фанатов национальной сборной.
Фрай, несмотря на относительно невысокий рост, прекрасно играет головой. В сезоне 2004/05 из 20 голов, 7 мячей были «верховыми». Прекрасно выбирает позицию, хорошо исполняет угловые и штрафные удары.
Чемпионат Европы по футболу 2008 Фрай пропустил, получив в первом же матче против команды Чехии (0-1) на 43-й минуте серьёзную травму.
(откорректировано по состоянию на 5 апреля 2012)