Родился 13 (24) января 1865 года в Одессе в семье военного врача. С 1876 г. по 1883 г. учился в Ришельевской гимназии в Одессе. В 1883 г. — студент Венского университета; в 1884 г. поступил на юридический факультет Московского университета. На студенческой скамье Гуковский познакомился и подружился с будущими организаторами эсеровской партии — М. Р. Гоцем, П. П. Крафтом, А. А. Аргуновым.
Под надзором полиции с 1887. Обыскан в ночь на 21 марта 1889 г. в Москве в виду получения Московск. охран. отделением сведений о его политическ. неблагонадежности (сношения с В. Курнатовской). При обыске у него и у С. Кондорской, проживавшей вместе с ним, обнаружено значительное количество гектографирован. и печатных революц. изданий, а также компрометирующая его переписка с цюрихскими революционерами. Заключён под стражу и привлечен к дознанию при Московском жандрамском управлении (дело А. Гуковского, П. Крафта, С. Кондорской и друг.) по обвинению в принадлежности к преступному сообществу. Принял лютеранство 4 июня 1889 г. и женился на С. К. Кондорской. В конце ноября 1889 г. исключён из Московского университета. При допросах отказался назвать лиц, от которых получил нелегальную литературу, и авторов найденных у него писем. Изобличен в принадлежности к тайному сообществу и в сношениях с русскими революционерами в Швейцарии. По высочайшему повелению от 7 марта 1890 г. подвергнут одиночному тюремному заключению на год и 6 месяцев с последующей высылкой в Восточную Сибирь под гласный надзор полиции на три года. С 7 апреля 1890 г. содержался в Петербургской одиночной тюрьме; при выходе из камеры на прогулку 16 марта 1891 г. бросился с четвёртой галереи в пролет лестницы и причинил себе тяжёлые повреждения. Ввиду тяжёлых повреждений, а также ходатайства отца о помиловании, по высочайшему повелению от 3 апреля 1891 г. освобождён от дальнейшего тюремного заключения с заменою ссылки в Восточную Сибирь подчинением гласному надзору полиции на три года по месту жительства его родителей — в городе Одесса. Выбыл из тюрьмы 5 апреля 1891 г. В июле 1891 г. по его ходатайству разрешена шестимесячная отлучка из Одессы в местечко Каховку Таврической губ, а затем было разрешено остаться в Каховке до 1 октября 1892 г.
По окончании срока гласного надзора, с апреля 1894 г., подчинен негласному с воспрещением жительства в столицах и в Петербургск. губ. впредь до особого разрешения, а в Московск. губ., университетск. городах (кроме Одессы), Риге, Ярославле, Твери, Нижнем Новгороде, Саратове и в Орле в течение трёх лет. В 1895 г. департамент полиции не имел препятствий к сдаче им окончательных испытаний при Новороссийском университете, чем воспользовался в 1900 г., выдержав экзамен в испытательной юридической комиссии при Новороссийском ун-те. В 1897 г. разрешён временный приезд в Киев для операции. В июле 1897 г. привлечен к дознанию при ж. у. гор. Одессы по обвинению в хранении запрещённых изданий; обязан подпискою о невыезде. Обвинение было основано на заявлении дворника дома, в котором он жил, опровергнутом рядом свидетельских показаний. По соглашению министров внутренних дел и юстиции (в ноябре 1897 г.) по недостатку улик дело о нём прекращено.
Хорошо знавший французский язык, Гуковский заинтересовался сочинением А. де Токвиля «Старый порядок и революция». Он решил перевести его на русский язык для московского студенческого издательства, задуманного В. А. Маклаковым под руководством историка П. Г. Виноградова. По свидетельству Маклакова, перевод Гуковского привёл в восторг Виноградова:
Впоследствии много писал для различных изданий народнического направления, жил на литературные заработки. Особенно тесно Гуковский сотрудничал с журналом «Русское богатство», выходившим под редакцией Н. К. Михайловского, вокруг которого в 1890-е годы группировалась народническая интеллигенция.
Проживая в Одессе, занимался частными уроками, переводами и сотрудничеством в местных изданиях. В 1898 г. разрешено временное проживание в Петербурге для производства операции. В марте 1898 г. безрезультатно обыскан в Одессе в виду его близкого знакомства с Ел. Гранковской, М. Е. Березиным и друг. Ходатайство его в мае 1898 г. о разрешении жить в Петербурге отклонено. В 1900—1901 гг. временно проживал в Петербурге. В 1900 году сдал экзамен на звание помощника присяжного поверенного и занимался судебной практикой в качестве помощника присяжного поверенного. На его ходатайство в 1902 г. о разрешении проживания в Петербурге было указано, что таковое разрешение будет дано в том случае, если он даст установленную подписку об отрешении от политическ. антиправительственной деятельности. В виду отказа дать такую подписку сделано распоряжение о немедленном выезде из Петербурга, однако в июне 1902 г. разрешено повсеместное проживание в империи. Летом 1902 года Гуковский переезжает в Петербург, вступает в партию эсеров. Он редактирует партийные издания, пишет статьи для околопартийной подцензурной печати, становится членом Петербургского комитета ПСР, входит в редакционную коллегию близкой эсерам одесской газеты «Жизнь юга». Арестован в Петербурге 14 мая 1903 г. и привлечен к дознанию при Петербургском жандармском управлении по делу об организации демонстративного празднования двухсотлетия Петербурга, подготовляемого группою членов Петербургского комитета партии с-ров.
Содержась в предварительном заключении в Петербургской одиночной тюрьме, Гуковский, ссылаясь на расстроенное здоровье, ходатайствовал о замене заключения высылкою его в Вологодскую губернию. По рассмотрении 20 февраля 1904 г. этого вопроса в Особом совещании, по постановлению министра внутренних дел выслан до окончательного разрешения дела под надзор полиции в Архангельск. В начале марта 1904 г. находился в Архангельске, где подписал коллективное заявление ссыльных с протестом против назначения поднадзорных в глухие и неудобные для жительства пункты. По постановлению Петербургского губернского совещания от 18 января 1905 г. дознание о нем прекращено с отменой принятой против него меры пресечения. Выехал 12 апреля 1905 г. из Архангельска в Петербург.
После открытия I Государственной думы 27 апреля 1906 года эсеры решили издавать в Петербурге легальную газету «Мысль» под редакцией Н. С. Русанова. Гуковский вошёл в состав редколлегии и быстро занял в газете видное место. Лидер эсеровской партии В. М. Чернов, работавший в газете вместе с Гуковским, вспоминал:
Гуковский был юристом по образованию и по призванию и в своих статьях ставил прежде всего правовые вопросы преобразования общества. Он утверждал, что правовой нигилизм русского народа (прежде всего крестьянства) на самом деле был
Отсюда и чуждость народа интересам существующего государства, опирающегося на «основанный на зле и лжи» закон. Смысл русской революции Гуковский видел в том, чтобы «хартия личных прав и вольностей» Великой французской революции 1789—1794 годов была бы восполнена «хартией углубленного социального содержания». В. М. Чернов писал в своих воспоминаниях, что для Гуковского правовая идея была как бы «душой» всего социализма:
После разгона I Государственной думы Гуковский переехал в Череповец, занялся адвокатской практикой, в 1906 году стал присяжным поверенным при Череповецком окружном суде и был избран гласным Череповецкого уездного земства.
В 1917 г. Гуковский — помощник председателя Череповецкой уездной земской управы. После февральской революции 1917 года переезжает в Петроград, участвует в организации газет «Дело народа» (орган ЦК ПСР), затем «Воля народа», в которой сотрудничали А. А. Аргунов, В. М. Чернов и Б. В. Савинков. Делегат III и IV съездов ПСР.
Вернувшись в Череповец Гуковский избран председателем Череповецкого земского собрания и гласным Новгородского губернского земства. Близко знавший его эсер М. В. Вишняк вспоминал:
Как председатель Череповецкой организации ПСР был выдвинут кандидатом в Учредительное собрание по списку эсеровской партии по Новгородскому избирательному округу. В Череповце за Гуковского проголосовало около 40 процентов избирателей, принявших участие в голосовании, что позволило ему стать членом Учредительного собрания от Новгородской губернии.
После Октябрьской революции Череповецкое земство отказалось признать новую власть. 1 ноября 1917 уездное земское собрание по инициативе Гуковского приняло постановление, в котором утверждалось, что только
15 декабря Череповецкое земское собрание под председательством Гуковского отказалось не только признать Советы органом власти, но даже считать их демократической организацией. В ответ по приказу Совета в ночь с 15 на 16 декабря Гуковский и другие руководители земства были арестованы, причем Гуковского направили под стражей в Петроград, в распоряжение Смольного. Петроградским большевикам в те дни было явно некогда разбираться с Гуковским, и его освободили.
Гуковский остался в Петрограде, сотрудничая в газете «Воля народа», ожидая открытия Учредительного собрания. 1 января 1918 года на В. И. Ленина было совершено покушение — его машину обстреляли. В ответ 2 января большевики произвели аресты правых эсеров, в том числе членов Учредительного собрания. Гуковский был арестован в редакции «Воли народа» вместе с другими членами редколлегии. Находясь под арестом, Гуковский не смог присутствовать на открытии Учредительного собрания 5 января 1918 года. Освобожден в феврале 1918 года.
2 августа 1918 в Архангельске при поддержке войск Антанты образовано «Верховное управление Северной области» во главе с народным социалистом Н. В. Чайковским. Гуковский вошел в правительство в качестве управляющего отделом юстиции. 6 сентября 1918 группа военных, стремящихся к установлению белогвардейской диктатуры, арестовала членов правительства и увезла их в Соловецкий монастырь. Однако вскоре при содействии американских дипломатов они были освобождены.
Гуковский избран городским головой Архангельска, однако вскоре подал в отставку. По выражению члена «Союза возрождения России» В. И. Игнатьева, он был «невероятно придирчив к мелочам и был большой буквоед». После эвакуации войск Антанты в августе 1919 в Архангельске состоялось земско-городское совещание. По инициативе Гуковского депутаты выступили с требованием политической амнистии для лиц, осуждённых за «большевизм». В проекте говорилось, что
Исходя из этих соображений совещание считало, что ответственность по действующим законам могут нести только члены коммунистической партии, а лица, не входившие в ее состав и осуждённые за «большевизм», подлежат полной амнистии. Кроме того, совещание вводило 24-часовой срок для предъявления обвинения каждому арестованному, «при отсутствии чего он по истечении указанного срока освобождался из-под стражи». Правительство Северной области отклонило проект амнистии и распустило совещание, причем наибольшей критике подвергся Гуковский как инициатор амнистии.
В октябре 1919 у себя в квартире Гуковский был ранен выстрелом в него в упор. Расследование, проведенное прокуратурой, не дало результатов. Однако после падения Северной области выяснилось, что это был сторонник капитана Г. Е. Чаплина.
Осенью 1919 г. эмигрировал во Францию и включился в политическую жизнь русской эмиграции, принимал участие в совещании членов Учредительного собрания, в создании Российского общества в защиту Лиги Наций, в Российской Лиге прав человека и гражданина, в совещаниях и съездах эсеровской партии. В 1920—1925 гг. — один из пяти редакторов журнала «Современные записки» и автор ряда статей на общественно-политические темы. В журнале он заведовал отделом внешнего обозрения и писал статьи под псевдонимом «А. Северов».
Покончил жизнь самоубийством 17 января 1925 в Париже. В письме, оставленном детям, он писал:
Сын Евгений был участником Первой мировой войны, в 1930-х годах работал геологом в Новосибирске в тресте «Запсибзолото». Репрессирован в 1938 году с обвинением в том, что «состоял в правотроцкистской организации и проводил в золотодобывающей промышленности разрушающую работу». Расстрелян 15 июня 1938 года.