Филин летал на самолётах многих типов, проводил сложные лётные испытания, в том числе
В результате осмысления прошедших воздушных сражений в Испании, Китае и Монголии Филин выдвинул концепцию, по которой самолет с самыми лучшими летными данными обеспечивал только 50 % боевой задачи. Остальные 50 % приходятся на двустороннюю радиосвязь, приборы для полетов в сложных и ночных метеоусловиях и другое оборудование. Испытания в НИИ ВВС проданных нам в 1940 году Германией своих новых истребителей и других боевых самолетов подтверждали концепцию Филина. Он был прав, требуя от главных конструкторов самолетов установки радио и другого современного оборудования и проведения полного цикла заводских испытаний, которые должны были предшествовать испытаниям государственным
При испытаниях МиГ-3 в НИИ ВВС была получена меньшая дальность, чем в специально организованном перелете Москва-Ленинград в условиях, отличных от принятых для государственных испытаний, и с оборудованием самолета дополнительным прибором, который позволял летчику устанавливать оптимальный режим работы мотора.
"Результат перелета стал известен Сталину, и он предложил в этом разобраться комиссии под руководством наркома обороны Тимошенко, секретаря ЦК Маленкова и заместителя начальника Генерального штаба Ватутина. Конечно, такие руководители были далеки от понимания тонкостей летных испытаний, и они подтвердили жалобы главных конструкторов на Филина в том, что он занижал данные испытуемых самолетов. За подписью вышеуказанных руководителей комиссии вышел приказ, которым генерал-майор Филин предавался суду военного трибунала.
В первых пунктах приказа ему ставилось в вину занижение дальности МиГ-3. Как ни странно, ему же ставилось в вину то, в чём он обвинял конструктора Яковлева, то есть в недостаточно подробных и полных испытаниях самолета Як-1. Ему же ставилось в вину, что самолеты были запущены в серийное производство без проведения войсковых испытаний, на проведении таких испытаний настаивал именно Филин. Этим же приказом отстранялись от должностей группа инженеров и летчиков-испытателей, проводивших государственные испытания в НИИ ВВС.
Приказ датирован 31 мая 1941 года. Филин был арестован 23 мая. Далее его участь решали заместитель Берии Кобулов и следователь НКВД Владзимировский. Они уже избегали авиационно-технических подробностей, а предъявили обвинение в антисоветском заговоре. Постановлением особого совещания при НКВД СССР 13 февраля 1942 года Филин был приговорен к расстрелу, и 23 февраля приговор был приведен в исполнение.
Реабилитирован 26 марта 1955 года.