Родился в семье священника. Брат — художник Азарий Иванович Трапицын. Окончил Вятское духовном училище, Вятскую духовную семинарию, Казанскую духовную академию (1888) со степенью кандидата богословия. Очень интересовался философией и философскими предметами.
Был участником Всероссийского Церковного Собора 1917—1918 в Москве, являлся членом церковно-правовой комиссии и комиссии по делам монастырей. Выступал за строгое соблюдение канонов, в связи с чем вступил в конфликт со сторонниками церковного «обновления». В 1921 был вынужден уйти за штат. В 1923 был арестован, обвинён «в связи с монашеством и агитации» и осужден на шесть месяцев принудительных работ в концлагере. До 1927 находился в ссылке.
С 1928 — архиепископ Самарский. Епархия не имела правящего архиерея с 1924, в городе у православных был лишь один храм, а остальные принадлежали обновленцам. Много ездил по епархии, проповедовал крестьянам, устраивал крестные ходы, рукополагал священников и диаконов из грамотных крестьян. В результате в Самарской губернии православных приходов стало больше, чем обновленческих. Поддерживал возвращавшееся из ссылок и тюрем духовенство, помогая им зарегистрироваться и получить разрешение на службу, помогал монахиням из закрытого Серафимо-Дивеевского монастыря, проводил тайные монашеские постриги. Был прост, скромен и милосерден, часто раздавал свои вещи неимущим вернувшимся из заключения священникам, помогал семьям репрессированных.
В 1933 против него было возбуждено уголовное дело по обвинению в антисоветской деятельности. Власти обвинили его в том, что он являлся «руководителем контрреволюционной группы церковников… Неоднократно руководил нелегальными сборищами в своем доме… на которых давал антисоветские установки. Вел проповедническую работу в антисоветском духе, обрабатывал религиозных фанатиков для принятия ими сана попов. Вел антисоветскую агитацию среди крестьян, приезжавших к нему из деревни для подыскания попов».
29 октября 1933 Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило его к трём годам ссылки на Урал в Екатеринбургскую область. В феврале-июле 1935 — архиепископ Пугачёвский. Вернувшись из ссылки, поселился в Ульяновске. В 1936 переехал в Самару, где служил по благословению правящего архиерея в Петропавловском храме.
30 ноября 1937 был арестован вместе с 26 священнослужителями и мирянами. Был обвинён в том, что «объединил в Куйбышеве всех безместных попов, главным образом прибывших из ссылок. Этим попам создавал авторитет среди верующих… „страдальцев за веру“, что использовалось для антисоветской повстанческой и контрреволюционной фашистской агитации. Сам лично вел погромно-повстанческую агитацию…» Виновным себя не признал. 21 декабря 1937 его приговорили к расстрелу и затем расстреляли.
Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на юбилейном Архиерейском соборе Русской православной церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания. Вместе с ним канонизированы проходившие по его делу и не признавшие своей вины священники: