Родился в Москве, в семье еврейского происхождения как по матери, так и по отцу. Предки по материнской линии «очевидно, из Польши». Отец Вольф Герш-Лейбович (Владимир Григорьевич) Мень родился в 1902 году, в Киеве, в детстве учился в религиозной еврейской школе, работал инженером в Орехово-Зуеве; мать, Елена Семеновна Мень (в девичестве Цуперфейн), родилась в 1908 году в Берне, с юности тянулась к христианству. Изучала в Харьковской частной гимназии православное вероучение.
В возрасте шести месяцев он был крещён вместе с матерью. Крещение было совершено тайно священником Катакомбной церкви отцом Серафимом (Батюковым).
Когда мальчику было 6 лет, НКВД арестовало его отца, который более года провел под стражей, а затем до конца войны был вынужден работать на Урале.
Учился Мень в московской школе № 1060 в Стремянном переулке.
В 1953 году поступил в Московский пушно-меховой институт в Балашихе, который в 1955 году был переведён в Иркутск. В марте 1958 года был отчислен за религиозные убеждения.
Через месяц после отчисления, 1 июня 1958 года, был рукоположен в диакона, а 1 сентября 1960 года (после окончания Ленинградской духовной семинарии) — в священника. В 1965 году закончил заочно Московскую духовную академию.
Служил в ряде подмосковных приходов. В 1989—1990 годах был настоятелем Сретенской церкви в Новой Деревне (микрорайон Пушкино). Уникальное сочетание широкой эрудиции, открытости к светской культуре, науке, к другим конфессиям, нехристианским религиям и церковной укоренённости выдвинуло Меня в число ведущих христианских проповедников.
Главный труд отца Александра — «История религии» в семи томах, состоящая из серии «В поисках пути, истины и жизни» (т.1-6, Брюссель, 1970—1983; 2 изд. — М., 1991—1992) и книги об Иисусе «Сын Человеческий», (Брюссель, 1969, 2 изд. М. 1991, т.7); в которой автор рассматривает историю нехристианских религий как путь к христианству в борьбе магизма и единобожия.
Отец Александр — также автор книг «Таинство, слово, образ» (Брюссель, 1980, 2 изд. М. 1991) (первое издание под названием «Небо на земле» (Брюссель, 1969), «Откуда явилось всё это?» (Неаполь, 1972), «Как читать Библию?» (Брюссель, 1981), Библиологического словаря (ок. 1840 терминов (среди которых большое число перенаправлений), Москва, 2002) и многочисленных статей главным образом проповеднического и апологетического содержания. Работы отца Александра переведены на английский, литовский, польский, украинский и французский языки.
Отец Александр Мень — один из зачинателей христианского «самиздата» 1960-х годов. До середины 1980-х годов его труды издавались главным образом за границей (под псевдонимами Э. Светлов, А. Боголюбов, А. Павлов). Мень был духовным наставником, а часто и крёстным отцом многих диссидентов 1970-х и 80-х годов, хотя сам воздерживался от активной правозащитной деятельности, видя свою миссию в духовном просвещении.
С середины 1980-х годов отец Александр Мень — один из самых популярных христианских проповедников (в том числе в средствах массовой информации). Он был одним из основателей Российского библейского общества в 1990 году, Общедоступного православного университета, журнала «Мир Библии». Отец Александр активно поддерживал благотворительную деятельность, стоя у истоков создания Группы милосердия при Российской детской клинической больнице, которая впоследствии была названа его именем и стала одним из значительных благотворительных проектов.
Во время выступлений отец Александр неоднократно получал записки с угрозами. Был убит утром 9 сентября 1990 года. Он торопился в церковь: надо было вовремя поспеть к литургии. Предположительно произошло следующее: к нему подбежал какой-то человек и протянул записку. Мень вынул из кармана очки и начал читать. В это время из кустов выскочил другой человек и с силой ударил его сзади топором (по другой версии — сапёрной лопаткой). Обливаясь кровью, священник направился к станции. По пути женщина спросила: «Кто вас, отец Александр?». «Да нет, никто, я сам!» — ответил он. Потом, теряя силы, повернул назад, к дому, дошёл до калитки и упал.
Несмотря на личные распоряжения президента СССР и председателя Верховного Совета России, убийство осталось нераскрытым.
Рассказывает генерал-лейтенант милиции Вячеслав Кириллович Панкин:
На месте гибели священника в мкр. Семхоз (ныне в черте города Сергиев Посад) воздвигнут храм в честь преподобного Сергия Радонежского, в котором регулярно совершается Божественная Литургия. По благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия ежегодно проходит научно-богословская конференция «Меневские чтения».
Многие православные люди позитивно оценивают деятельность и труды отца Александра Меня. Так, по мнению Патриарха Алексия II,
Митрополит Антоний Сурожский, спустя много лет после смерти отца Александра говорил о нём очень эмоционально:
Митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий в день 20-й годовщины трагической гибели отца Александра Меня, совершив заупокойную литургию и литию по убиенному, высоко оценил его пастырскую и просветительскую деятельность:
По мнению архиепископа Михаила (Мудьюгина),
Священник Георгий Чистяков считал, что:
Протодиакон Андрей Кураев, говоря об отце Александре, подчёркивает исторический контекст, в котором тому пришлось жить и на вызовы которого пришлось отвечать:
В то же время представители консервативных кругов Русской православной церкви утверждают, что некоторые высказывания отца Александра Меня противоречат основам православного учения. Его также обвиняли в симпатиях к католицизму. Известный православный богослов А. И. Осипов и протодиакон-миссионер Андрей Кураев не рекомендовали книги отца Александра для знакомства с православием.
Протодиакон Андрей Кураев о католицизме Александра Меня и отношении к этому католицизму православного человека (из статьи «Александр Мень: потерявшийся миссионер»):
Следующие цитаты выражают экуменические идеи отца Александра Меня.
«Истоки религий», глава 4 («Человек перед Богом»):
«История религий», том 3, глава 5 («Загадка высшего „Я“»):
«Письма духовной дочери Александре Орловой-Модель»:
Православное богослужение. Титульный лист
История религии в семи томах. Титульный лист 1 тома
История религии. Обложка 5 тома
История религии. Выходные данные и аннотация 1 тома