Родился 15 (27) сентября 1838 года в семье бедного петербургского чиновника из малороссийских дворян. Учился в Ларинской гимназии и на историко-филологическом факультете Санкт-Петербургского университета.
Начал писать ещё студентом, в 1859 году, в журнале для девушек «Рассвет», затем помещал статьи в «Отечественных записках» редакции Андрея Краевского, в «Иллюстрации», «Воскресном досуге». В 1864 году уезжал не надолго в Ярославль редактировать «Рыбинский листок». Преподавал русский язык и словесность в Смольном институте, Ларинской гимназии и др. В 1871 году оставил службу.
Первою статьёю его, обратившею на себя внимание, было «Воспитательное значение Гончарова и Тургенева» в «Невском сборнике» Н. Курочкина (1867, под псевдонимом Алкандров). С 1868 года сделался ближайшим сотрудником перешедших к Николаю Некрасову и Михаилу Салтыкову «Отечественных записок»; принимал участие в их редактировании, читая беллетристические рукописи.
В 1881 году принимал участие в редактировании «Слова», в 1882 году — «Устоев», в 1896-97 годах — «Нового слова». С 1874 по 1879 год писал литературные фельетоны в «Биржевых ведомостях» (переименованных позднее в «Молву»); в 1880-х и первой половине 1890-х годов вёл литературный фельетон в «Новостях», последние годы — в «Сыне Отечества». Писал также в «Неделе» 1860-х годов, «Русских ведомостях», «Русской мысли», «Северном вестнике», «Мире Божьем» и др. Критические и историко-литературные статьи собраны в его «Сочинениях» (2 т., СПб., 1890; 2-е изд. СПб., 1895). Отдельно вышли: «Беллетристы-народники» (СПб., 1888), «История новейшей русской литературы» (СПб., 1891; 4-е изд. СПб., 1900), «Очерки по истории русской цензуры» (СПб., 1892).
Для «Биографической библиотеки» Павленкова Скабичевский написал биографии Николая Добролюбова, Алексея Писемского, Александра Пушкина и др. Ряд «Очерков умственного движения русского общества», печатавшихся в «Отечественных записках», был собран автором под заглавием «История прогрессивных идей в России», но издание не увидело света своевременно (1872), и лишь позднее «Очерки» вошли в собрание сочинений под заглавием: «Сорок лет русской критики».
Умер 29 декабря 1910 (11 января 1911) в Павловске.
Как историк литературы, Скабичевский не задавался целями научными. Предназначая свои работы исключительно для большой публики, он не занимался самостоятельными изысканиями, пользовался материалом из вторых рук и заботится только о том, чтобы изложить его в общедоступной форме. Не отделяя задач истории литературы от задач критики, Скабичевский не заботился и об исторической перспективе и явления прошлого судил с современной точки зрения.
Пользовавшаяся большим успехом «История новейшей русской литературы» не соответствовала своему заглавию: собственно истории, то есть общей картины хода литературных течений, здесь нет, а есть ряд биографических сведений о писателях, распределённых по родам. В биографиях нет пропорциональности: второстепенному и забытому Осиповичу отведено 8 страниц, а Голенищеву-Кутузову и Фофанову — по 1 строчке. Лучшие биографии — те, где автор вращается в сфере близких и хорошо знакомых ему настроений (писатели 1860-х), наименее удачные — те, где приходится оценивать чисто литературные достоинства (писатели 1840-х годов, поэты пушкинских традиций).
«Очерки по истории русской цензуры» интересны в особенности тем, что в них почти целиком вошли некоторые редкие конфиденциальные издания, например, «Исторические сведения о цензуре» Петра Щебальского и др. Обработки материала нет, но факты в высшей степени интересны и поучительны.
Гораздо более видное место занимает Скабичевский в русской критике. Выступив в начале своей критической деятельности с протестом против крайностей Дмитрия Писарева и тенденциозной беллетристики «Дела», Скабичевский остаётся, однако, критиком-публицистом по преимуществу. Он редко разбирает чисто литературные стороны произведений и почти исключительно сосредоточивается на общественном их значении. Глубокая искренность и строгое отношение к своей задаче придают и этой односторонности несомненную силу. Нравственный ригоризм, составляющий достояние русской критики начиная с Виссариона Белинского и Добролюбова, нашел в нём убежденного представителя. Вот почему празднование 35-летнего юбилея его литературной деятельности в 1894 году послужило поводом к выражению ему симпатии всех оттенков прогрессивного лагеря.