Александр Парфеньевич Бородин родился 28 сентября (10 октября) 1848 года в Санкт-Петербурге. В 1870 году окончил Технологический институт, а в 1872 году Санкт-Петербургский институт путей сообщения
Совместно с инженером путей сообщения Людвигом Маврикиевичем Леви разработал методику линейных испытаний паровозов.
В 1882 году по проекту Бородина был построен паровоз серии П с 4-х цилиндровой машиной тандем-компаунд.
А. П. Бородин был бессменным председателем съездов инженеров службы тяги железных дорог России.
Бородин неоднократно выступал за улучшение условий труда и механизации на железнодорожном транспорте.
Александр Бородин являлся одним из основателей журнала «Инженер».
Умер Александр Парфеньевич Бородин 26 марта (7 апреля) 1898 года.
Русским техническим обществом была учреждена золотая медаль имени Бородина, которой награждались изобретатели и рационализаторы сделавшие большой вклад в области железнодорожного транспорта.