Происходил из потомственных дворян Тверской губернии. Его дед, Александр Николаевич был полковником в лейб-гвардии Литовском полку. Отец — Пётр Александрович, отставной титулярный советник. Мать — Серафима Александровна, урождённая Дятькова, дочь кашинского землевладельца.
Братья:
Сёстры — Лидия и Екатерина.
Жена — Евгения Владимировна, урождённая Григорьева, дочь титулярного советника. Дочь — Тамара, сын — Георгий.
Двоюродный брат, Александр Сергеевич Перхуров (1880—1946) — офицер-артиллерист, подполковник русской армии, полковник Красной армии. Во время Второй мировой войны был пленён, служил в Русской освободительной армии генерала А. А. Власова, выдан в СССР и расстрелян.
Окончил Московский кадетский корпус (1893), Александровское военное училище (1895) и Николаевскую академию Генерального штаба (1903).
Служил в 39-й артиллерийской бригаде, расквартированной в Карской области на границе с Турцией. Участвовал в Русско-японской войне в составе 1-го Сибирского артиллерийского дивизиона 14-й Сибирской бригады. С 1906 служил в Омске, с 1907 — капитан, переведён в 3-ю Восточно-Сибирскую артиллерийскую бригаду.
В начале Первой мировой войны в чине капитана служил в 16-й Сибирской стрелковой артиллерийской бригаде (1914), был произведён в подполковники «за боевые отличия» (январь 1915). Командовал 5-й батареей в этой же бригаде. Награждён орденом св. Георгия 4-й степени (январь 1916)
Был произведён в полковники. В 1916 назначен командиром 3-го стрелкового артиллерийского дивизиона, направленного в составе Дунайской армии на Румынский фронт. С февраля 1917 — командир 186-го Сибирского стрелкового отдельного лёгкого артиллерийского дивизиона.
В декабре 1917 был демобилизован, выехал к семье в город Бахмут Екатеринославской губернии. Вступил в белую Добровольческую армию, но уже в марте 1918 был послан генералом Л. Г. Корниловым в Москву для формирования добровольческих отрядов для борьбы с большевиками в Москве и Центральной России. Был начальником штаба тайной офицерской организации в Москве, входившей в состав «Союза защиты Родины и Свободы», возглавлявшегося Б. В. Савинковым.
Был одним из организаторов и военным руководителем антисоветского восстания в Ярославле 6-22 июля 1918. Возглавил вооружённые силы восставших — Ярославский отряд Северной Добровольческой армии (его численность, по различным оценкам составляла от 400 до 1000 штыков — офицеры, кадеты, студенты Демидовского лицея, гимназисты, немного крестьянской молодёжи), стал главноначальствующим Ярославской губернии. В результате восстания были ликвидированы органы советской власти, убиты некоторые их руководители. При этом полковник Перхуров выступил против необоснованных обысков и арестов: «Приказываю твёрдо помнить, что мы боремся против насильников за правовой порядок, за принципы свободы и неприкосновенности личности».
В Ярославле была восстановлена городская управа, в деятельности местного самоуправления приняли участие представители разных партий, включая и социалистов. Однако восстание не было поддержано в других городах (восстание в Муроме было быстро подавлено). После обстрелов и бомбардировок, разрушивших значительную часть исторического центра города, Ярославское восстание было подавлено превосходящими частями Красной армии, попавшие в плен его участники — расстреляны.
После подавления восстания во главе отряда из примерно 50 человек прорвался из Ярославля на восток страны, где поступил на службу в Народную армию Комитета членов Учредительного собрания (Комуча), возглавлял отдельную Казанскую стрелковую бригаду, в декабре 1918 — феврале 1919 находился на лечении в Омске. В феврале — июле 1919 командовал 13-й Казанской стрелковой дивизией. Был произведён Верховным Правителем адмиралом А. В. Колчаком в генерал-майоры за подготовку и руководство Ярославского восстания, получил почётное именование Перхуров-Ярославский. Ещё во время командования дивизией организовал партизанский отряд, который совершал удачные набеги в тыл Красной армии. С июля 1919 командовал особыми летучими партизанскими отрядами 3-й армии. Один из офицеров называл его «славным человеком, но с взбалмошной душой». В августе—сентябре 1918 воевал против красных вместе с отрядом корнета Б. К. Фортунатова в районе Кустаная и реки Тобол.
Затем участвовал в отступлении белой армии в период Великого Сибирского ледяного похода. Зимой 1920 под Красноярском получил приказ генерала С. Н. Войцеховского пробиваться за Байкал. Потеряв ориентировку, продвигаясь в полутёмные дни и в длительные тёмные зимние ночи в плотной массе деревьев заснеженной Байкальской тайги, войска генерала Перхурова заблудились. 11 марта 1920 был пленён красными партизанами у реки Лена в селе Подымахинское вместе со своим отрядом, ослабленным от дезертирства, болезней, холода, обморожений и голода. Под конвоем был доставлен в Иркутск.
Содержался в концлагерях Иркутска, Челябинска и Екатеринбурга. В январе 1921 был освобождён и назначен на службу как «военспец» в штаб Приуральского военного округа в Екатеринбурге. Однако 20 мая 1921 был вновь арестован по обвинению в руководстве Ярославским восстанием и отправлен в Москву, где, находясь в заключении, написал воспоминания. Незадолго до смерти так рассказывал о своём пребывании в тюрьмах:
В июне 1922 был осуждён в Ярославле показательным судом и расстрелян во дворе Ярославской губернской ЧК по приговору выездной Военной коллегии Верховного ревтрибунала. Похоронен, вероятно, на Леонтьевском кладбище города.
Сидевший вместе с Перхуровым летом 1922 года в тюрьме С.П. Мельгунов, так описывал впоследствии свои впечатления от встречи с ним: