Александр Вагин родился 15 февраля 1959 года в Кемеровской области.
В 1983 году окончил Кузбасский политехнический институт по специальности «Подземная разработка месторождений полезных ископаемых» и распределился на шахту «Распадская».
С 1984 по 1993 год занимал должности помощника начальника участка, начальника подземного участка, директора по производству.
В 1993 году был избран председателем совета директоров ЗАО «Распадская».
Вместе с Геннадием Козовым консолидировал более 70 % акций компании.
В 2004 году занял должность первого заместителя генерального директора Распадской угольной компании, созданной на основе «Распадской».
В 2006 году Распадская угольная компания провела IPO. По итогам размещения капитализация компании составила 1,8 млрд долларов США.
Женат, двое детей.
Входит в рейтинг журнала Forbes с 2005 года, за исключением 2006 и 2007 годов. Занимает места с 64 (2010) по 88 (2005) с состоянием с 340 млн долларов США (2005) по 1 500 млн долларов США (2008). В 2010 году занимал 64 место с состоянием 950 млн долларов США.