С 1969 года работал техником офицерского клуба в Краснознаменной военной академии бронетанковых войск имени маршала Малиновского. С 1971 года — руководитель юношеской студии при народном театре шёлкового комбината в Наро-Фоминске. В 1974 году закончил Высшее театральное училище им. Б.В. Щукина и поступил в труппу Театра на Таганке. Этот театр Трофимов выбрал, увидев Владимира Высоцкого в спектакле «Добрый человек из Сезуана». На сцене Театра на Таганке актёр играет уже много лет и занят во множестве спектаклей. Самой любимой своей ролью называет Иешуа в постановке Юрия Любимова «Мастер и Маргарита». Трофимов не так много снимается в кино, но относится к этому философски. В одном из интервью он высказался на эту тему: «Могло бы быть и больше ролей. Но если этого не происходит, я не рву волосы на себе. Потому что то, что было, это мне, как верблюду, горб мой наполнило на двадцать, сорок пустынь. И я спокойно иду по дюнам и просто смотрю на все это, чуть-чуть сверху, потому что я большого роста». В своей кинокарьере основным режиссёром считает Михаила Швейцера, у которого снялся в трёх картинах — «Маленькие трагедии», «Мёртвые души» и «Крейцерова соната». Однако наибольшую популярность ему принесла роль кардинала Ришелье в трёхсерийном музыкальном фильме «Д’Артаньян и три мушкетера». Изначально на эту роль режиссёр Георгий Юнгвальд-Хилькевич искал более возрастного актера. Во-первых, сам образ французского кардинала был крайне неоднозначным и невероятно сложным. Во-вторых, по книге великому кардиналу было около сорока лет. Но когда Юнгвальд-Хилькевич увидел великолепные пробы Александра Трофимова, он без раздумий утвердил молодого актёра на роль. Вениамин Смехов в своей книге «Театр моей памяти» написал о своём коллеге так: «Саша Трофимов — очень длинный и демонический Ришелье. Меня роднила с ним причастность и к более основательному семейству — любимовскому Театру на Таганке. Во время съемок, в Одессе, мы гуляли с ним от гостиницы „Аркадия“ к морю и много друг другу рассказали о предыдущей жизни. Саша — человек закрытый и болезненно гордый, так мне казалось до этих съемок. Он открылся тонко чувствующим и поэтическим человеком, с множеством комплексов и сомнений. А гадкого кардинала сыграл и остро, и умно, и иронично».
В настоящее время Александра Трофимова периодически приглашают сниматься в кино на небольшие роли, он является одним из ведущих актёров Театра на Таганке, выезжает с театром на гастроли за пределы страны.
Выступает в Театре на Таганке в спектаклях:
Архивные спектакли: