Воспитанник краснодарской СДЮШ-5. Первый тренер — Михаил Алексеевич Афонин. Профессиональную карьеру начал в 1992 году московском «Спартаке». За первые четыре сезона провёл в высшей лиге всего один матч, в 1996 году стал чемпионом России. По окончании сезона ушёл из «Спартака» и играл в различных клубах высшего и первого дивизионов. Четырежды выходил из первого дивизиона в высший (1998 — с «Локомотивом» (НН), 2001 — с «Шинником», 2002 — с «Рубином», 2004 — с «Тереком»). По состоянию на 2004 год такого достижения добился только Геннадий Сёмин.
Липко и Александр Амисулашвили — единственные футболисты в истории высшего дивизиона России, которые забили два автогола в одном чемпионате.