Александр Духнович родился 24 апреля 1803 года в селе Тополя, близ Снины. Родителями его были униатский священник Василий Дмитриевич Духнович и Мария Ивановна, в девичестве Гербер. По семейному преданию, которое Александру Духновичу в двенадцатилетнем возрасте рассказал его дед, их род имел российское происхождение. Дед поведал Александру, что их предок происходил из Москвы и имел фамилию Черкасский. Он был одним из предводителей Стрелецкого бунта, после подавления которого ему удалось бежать с несколькими товарищами, среди которых были Гербер и Брылла. Через Польшу он отправился в Венгрию, где поселился в селе Тополя под Буковскими горами, назвавшись Духновичем. Там он стал певцом местной деревянной церкви, а впоследствии был замечен местными священниками, которые убедили его жениться и стать иереем. Он взял в жёны дочь одного из священников, направился в Мукачевский монастырь, где был посвящён в иереи и получил приход в селе Тополя, который переходил к его потомкам.
Вскоре после рождения Духновичи переехали в село Стакчин, где Александр провёл своё детство. Кроме него в семье был ещё один сын и четыре дочери. В шесть лет Александр начал учиться грамоте, первым его учителем стал дядя, Дмитрий Гербер, обучавший его по букварю, псалтыри и часослову. Александр Духнович был прилежным учеником, и учёба доставляла ему большую радость.
В девять лет Александр Духнович продолжил обучение в Ужгородской школе, на мадьярском языке. Юный Духнович подвергался насмешкам и издевательствам, так как плохо говорил по-мадьярски. Но вскоре он выучился языку так, что говорил на нём не хуже чем на своем родном говоре. Закончив обучение в Ужгороде в 1823 году, он ещё два года учился в гимназии в Кошицах. Оттуда он был переведён в Ужгородскую семинарию, где изучал богословию до 1827 года.
После окончания семинарии был рукоположен в священника и по предложению епископа Григория Тарковича направлен в Пряшевскую консисторию, где поступил на службу в епархиальную канцелярию, под начальство секретаря и епархиального нотариуса Василия Поповича, который впоследствии стал Мукачевским епископом. В 1830 году, не ужившись с епископом Тарковичем, имевшим тяжёлый характер, Духнович оставил службу в Пряшеве и переехал в Ужгород, где устроился домашним учителем сына поджупана Ужгородской сто?лицы Стефана Петровая. Но жизнь в доме этого великосветского чиновника тяготила Духновича, и через два года он принял решение вернуться на службу в канцелярию. А уже в 1833 году его назначили приходским священником в село Хмелёва (тогда Комлоша или Комлошпатак), в следующем году он был переведён в село Беловежу у Бардейова. В 1838 году Духновича назначили нотариусом Ужгородской консистории Мукачевской епархии и он получил доступ к богатым библиотекам, в которых содержалось много литературы на русском языке. Увлечение чтением послужило для него стимулом к писательской деятельности. Духнович занялся изучением истории родного края, богословией, драматургией, историей права, педагогикой, стал сочинять стихи. В 1843 году он был назначен каноником в Пряшевский собор, где и служил до своей смерти. В 1848 году он был назначен благочинным в Пряшеве.
К старости у Духновича начала развиваться водянка, и он семь месяцев пролежал в постели. 18 (30) марта 1865 года Александр Духнович скончался, причастившись перед смертью из рук епископа Иосифа Гаганца.
Александр Духнович встал у истоков национального возрождения Подкарпатской Руси. Он проникся идеями просвещения крестьян путём распространения русского литературного языка, который он считал общим достоянием всего русского народа, как в Российской империи, так и в «Подъяремной Руси». Литературная деятельность Духновича началась в период его руководства приходом в Беловеже. Там он начал изучать церковнославянский и русский языки, собирать народные песни. В 1847 году он издал свою первую книгу — карпаторусский букварь под названием «Книжица читалная для начинающих».
В 1851 году им было основано «Литературное общество в Пряшеве», заседания которого проводились на его квартире. Среди тех, кто присутствовал на встречах общества были Адольф и Виктор Добрянские, Антоний Рубий, Александр Павлович, Андрей Попович. Обществом были изданы три альманаха «Поздравление Русинов» и десять книжек, а в 1853 году оно прекратило своё существование. Духнович занялся изданием учебников, в которых была в то время острая нужда. Деятельностью его заинтересовалась полиция, и он был взят под негласный контроль.
В 1863 году Духнович организовал «Общество св. Иоанна Крестителя», для воспитания молодёжи. При его участии в Подкарпатской Руси были открыты несколько гимназий, где преподавание велось на русском языке. Как вспоминал сам Духнович в своих автобиографических «записках»:
Александр Духнович выступал против создания самостоятельных литературных языков на основе местных говоров, негативно оценивал попытки применения новой орфографии в Галиции, проводившиеся в среде «украинофилов». Тем не менее, он активно использовал в своём языке элементы простонародного говора, и стремился, чтобы язык его произведений был понятен для крестьян. Впоследствии такой язык стали использовать многие деятели национального возрождения Прикарпатской Руси, и он получил название «язычие».
Именем Александра Васильевича Духновича было названо научное общество, просуществовавшее до 1945 года, а ныне его именем назван Прешовский городской театр. Памятники Духновичу установлены в Мукачеве и Ужгороде.