Родился 8 декабря 1914 года в деревне Кишкино (ныне деревня Советская) Щучанского района Курганской области в крестьянской семье.
В 1930 году окончил школу-семилетку и начал работать шофёром. С 1933 по 1936 годы работал в Учебно-опытном зерносовхозе № 2 г. Зернограда.
В 1936 году был призван в ряды Красной Армии. После окончания полковой школы механиков-водителей танков служил на Дальнем Востоке. Закончил курсы младших лейтенантов и Курсы усовершенствования командного состава. Командир танка, затем — танкового взвода отдельного танкового батальона на Дальнем Востоке. Член ВКП(б)/КПСС с 1940 года.
С марта 1943 года — участник Великой Отечественной войны. Воевал в составе 68-го гвардейского танкового полка 8-го гвардейского танкового корпуса на Брянском, Воронежском, 1-м Украинском и 1-м Белорусском фронтах. Участвовал в Курской битве, воевал на берегах Днепра, Западного Буга, Сана, Вислы, Одера.
16 января 1945 года в районе города Нове-Място (Польша) командиру танковой роты 68-го гвардейского танкового полка 20-й гвардейской механизированной бригады 8-го гвардейского механизированного корпуса 1-й гвардейской танковой армии гвардии капитану А. В. Ваганову была поставлена задача организовать рейд по тылам противника и перерезать пути его отступления. Гвардейская танковая рота капитана Ваганова успешно переправилась через реку Пилица по отбитой у противника переправе, и выйдя во фланг немецкой обороны, отрезала пути отступления. В результате было захвачено до 200 автомашин с боеприпасами, выведено из строя 3 штурмовых и 9 полевых орудий. Гвардейцами А. В. Ваганова было взято в плен до двухсот солдат и офицеров противника.
За этот бой указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 мая 1945 года гвардии капитану Александру Васильевичу Ваганову присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 4579).
В 1945 году гвардии майор А. В. Ваганов ушёл в запас по состоянию здоровья. Жил в городе Зернограде Ростовской области, где работал заместителем директора по административно-хозяйственной части Азово-Черноморского института механизации сельского хозяйства. Принимал активное участие в работе ветеранской организации города.
Умер 20 мая 1974 года в городе Кропоткин.