Родилась в городе Белосток Гродненской губернии Российской империи в семье коллежского асессора.
Обучалась в Киеве в гимназии Св. Ольги, которую закончила 1899 г.
C 1901 по 1903, а также, как вольнослушатель, с 1906 по 1908 занималась в Киевском художественном училище.
В 1903 г. вышла замуж за адвоката Николая Евгеньевича Экстера.
В эти же годы организовала в своем доме салон-мастерскую, ставший местом встреч представителей киевского авангардного искусства.
В 1907 г. уехала в Париж, где начинала заниматься в парижской академии Гран-Шомьер и посещала класс портретиста Карло Дельваля. Во время этой поездки у неё сложились дружеские отношения с П. Пикассо, Г. Аполлинером.
С 1908 по 1914 жила в разных городах Российской империи (Москва, Киев, Одесса, Петербург), активно путешествуя по Европе.
В 1908 организовала в Киеве вместе с Д. Д. Бурлюком выставку «Звено»;
В 1912 г. в Италии познакомилась с художником-футуристом Арденго Соффичи, а через него — с ведущими авангардистами этой страны и принимает участие в их выставках.
Принимала участие в большинстве наиболее значительных выставок авангардного искусства в России (выставки Бубнового валета — февраль 1912, Союза молодежи, Трамвай В и др.), Франции (Салон Независимых — март 1912 и др.), Италии.
В 1915 году вступила в группу К.Малевича Супремус.
1915—1916 — вместе с другими художниками-супрематистами Экстер работала с крестьянами в художественной артели села Вербовка (руководитель — её ученица Нина Генке) и села Скопцы (руководитель Наталья Давыдова).
1918—1921 — вместе с Вадимом Меллером работала с Брониславой Нижинской, сестрой В.Нижинского, в её Балетной Студии в Киеве.
В 1921 г. принимала участие в концептуальной выставке конструктивистов «5х5=25».
В 1923 году вместе с В. И. Мухиной оформила павильон газеты «Известия» на первой Всероссийской сельскохозяйственной и кустарно-промышленной выставки в Москве.
Экстер преподавала в Одесской детской художественной школе, затем в собственной студии в Киеве (1918). С 1921 по 1922 вела курс в ВХУТЕМАСе.
С 1924 жила за границей. В 1925 году приняла участие в Международной выставке современных декоративных и промышленных искусств в Париже.
Умерла 17 марта 1949 в Фонтене-о-Роз под Парижем.
Как художник театра и кино работала над спектаклями Московского Камерного театра А. Я. Таирова («Фамира Кифаред» И. Ф. Анненского (1916), «Саломея» О.Уайльда (1917)), «Ромео и Джульетты» У.Шекспира (1921), фильмами («Аэлита» Я. А. Протазанова) и др.
Участвовала в оформлении I Всероссийской сельскохозяйственной выставки (1923)
В качестве дизайнера по костюмам сотрудничала с Московским ателье мод, работала над созданием парадной формы Красной Армии (1922—1923).
В 1924—1925 гг. занималась оформлением советского павильона на XIV Международной выставке в Венеции и подготовкой экспозиции советского отдела Всемирной Выставки Современного Индустриального и Декоративного Искусства («Арт Деко») в Париже.
В начале 1930-х годов Александра Экстер начала работать в таком направлении, как Les Livres Manuscrits — создание уникальных, выполненных от руки книг, каждая страница которых имеет авторский автограф. Такие книги Экстер делала, как правило, в одном, изредка — в трех-пяти экземплярах
Персональные выставки Александры Экстер — Берлин (1927), Лондон (1928), Париж (1929), Нью-Йорк (1930), Прага (1937).