Окончил Тифлисский кадетский корпус (1883), Михайловское артиллерийское училище (1886), Михайловскую артиллерийскую академию (1891), Офицерскую артиллерийскую школу (1898).
После окончания академии два года служил на Ижевском оружейном заводе.
Специалист в области береговой артиллерии, автор ряда трудов по теории и практике её стрельбы.
В первой половине 1915 деятельность Главного артиллерийского управления (ГАУ) была подвергнута резкой критике за неспособность восполнить нехватку снарядов (так называемый «снарядный голод»), которая угрожала боеспособности русской армии. В этой кризисной ситуации 24 мая (9 июня) 1915 генерал Маниковский был назначен начальником ГАУ.
Проявил себя энергичным руководителем, смог наладить производство боеприпасов и к 1917 полностью удовлетворить нужды фронта. При нём как расширялись существующие военные производства — оружейные, артиллерийские, снарядные, пороховые — так и развернулось строительство новых заводов. С фронта были отозваны квалифицированные специалисты в области артиллерии, которые включились в работу под руководством Маниковского. Деятельность ГАУ способствовала тому, что в 1917 русское военное командование смогло запланировать масштабное наступление, которое не состоялось из-за начавшегося после Февральской революции развала армии.
Один из сотрудников Маниковского, выдающийся оружейник В. Г. Фёдоров вспоминал:
Считал, что приоритет при распределении военных заказов должен отдаваться казённым заводам; резко критиковал завышение цен и плохое качество продукции частных производителей, ориентированных на сверхприбыли. В связи с этим промышленники настаивали на отставке Маниковского и почти добились своей цели. В марте 1916 военный министр дал согласие на перевод генерала обратно на должность коменданта Кронштадтской крепости (после этого Маниковский попросил отправить его в действующую армию). Однако возможность срыва снабжения армии боеприпасами в случае ухода компетентного начальника ГАУ заставила военное руководство оставить Маниковского на его посту.
После этого конфликты с промышленниками продолжились — генерал настаивал на обязательности выполнения частной промышленностью государственных заказов. Он предложил создать на всех частных заводах «ячейки военных производств», находящиеся под контролем ГАУ. По мнению Маниковского, сильные государственные предприятия должны господствовать в промышленности в период войны, а в мирное время — служить регулятором цен и авангардом технического прогресса. При этом Маниковский допускал и активное развитие частного предпринимательства, но в общих рамках государственно-монополистического капитализма.
Был близок к части думской оппозиции, один из лидеров которой, Н. В. Некрасов во время Февральской революции прочил Маниковского на роль военного диктатора. С 6 марта 1917 — помощник военного министра. Временно управлял военным министерством после отставки А. И. Гучкова (конец апреля — начало мая 1917) и после отбытия в отпуск — фактической отставки — А. И. Верховского (октябрь 1917). 25 октября 1917 был арестован в Зимнем дворце вместе с министрами Временного правительства. В конце октября освобождён и принял на себя техническое руководство военным ведомством при большевистской власти. Пытался сохранить остатки боеспособности армии, выступил против выборности командиров, в связи с чем обвинён в нелояльности и 20 ноября 1917 вновь арестован (вместе с начальником Генерального штаба В. В. Марушевским). Через 10 дней освобождён.
Служил в РККА, в 1918—1919 — начальник Артиллерийского управления, Управления снабжения РККА. Был постоянным членом Артиллерийского комитета. Во многом именно ему большевики были обязаны созданием своей артиллерии и организацией системы снабжения армии боеприпасами. В январе 1920 был направлен в командировку в Ташкент; направляясь туда, погиб при крушении поезда.
После гибели генерала Маниковского был опубликован написанный им капитальный исторический труд «Боевое снабжение русской армии в Мировую войну»