С 14-ти лет выступал за юношескую команду столичного «Металлурга», а вскоре оказался в другом московском клубе — «Строитель». Во время Великой отечественной войны не подлежал демобилизации по молодости. В 1943 году поступил в ГЦОЛИФК и почти до конца войны выступал за команду военного факультета этого учебного заведения. В 1945 году футболиста присмотрел ЦДКА, однако пробиться в основной состав звёздного армейского клуба той поры было тяжело и в матчах первых команд Водягин появлялся на поле лишь дважды. В 1946 году армейцы передали футболиста в главную студенческую команду страны — московский «Буревестник», выступавшую во втором эшелоне чемпионата Советского Союза. А перед стартом сезона-1947 Водягин вернулся в ЦДКА, чтобы стать одним из ведущих игроков армейского коллектива. В 1952 году, когда ЦДКА был расформирован, Водягин попал в армейский коллектив города Калинина (ныне — Тверь), затем играл в команде Московского Военного Округа, два сезона провёл в столичном «Динамо», а завершил свою карьеру в «Крыльях Советов» (Куйбышев). Всего сыграл в высшей лиге чемпионата СССР 162 матча и забил 17 мячей.
Тренировал команды «Химик» (Новомосковск), «Электрон» (Новгород), «Трудовые резервы» (Ворошиловград), «Знамя» (Ногинск), «Судостроитель» (Николаев), работал тренером СДЮШОР «Динамо» (Москва) — 1977—1989 гг. В футбольной школе подготовил Р.Атаулина и С.Некрасова. Работал начальником в «Торпедо» (Москва) (1956) и «Волге» (Калинин) (1964, по июль).