Алексей Егорович Афанасьев родился 29 марта 1936 года в селе Кузьминское Московской области. В 1960 году закончил механико-технологический факультет Московского торфяного института. Кандидат технических наук (1967); доктор технических наук (1986). Тема докторской диссертации — «Физические процессы тепломассопереноса и структурообразования в технологии торфяного производства». с 1980 — заведующий кафедрой ТиКМ РТМ Калининского политехнического института. Профессор (1987). Действительный член Петровской академии наук и искусств, Санкт-Петербург (1992). Член ученого Совета ТГТУ и Горного Научного Совета секции наук о Земле АЕН РФ; — член редколлегии научного журнала «Вестник ТГТУ»; член редколлегии информационно-аналитического журнала «Торф и Бизнес»; редактор сборников НИР кафедры ТКМ РТМ ТГТУ. Всего печатных работ 340, рукописных 95, научно-методических 36, патентов 18, выступил с 95 докладами на конференциях различного уровня (международные, всероссийские и др.). Основные публикации изданы в журналах АН СССР, РАН и др.
Обоснование с позиций коллоидной химии и физико-химической механики, интенсивных технологий добычи и переработки торфа и сапропеля на основе оптимизации процессов сушки и взаимосвязанных с ним процессов тепломассопереноса и структурообразования при использовании композиционных материалов.
Создано новое научное направление в технологии торфяного производства — «Использование методов молекулярной физики в управлении качественными характеристиками различных видов торфяной продукции», позволившее заложить научные принципы регулирования, оценки и прогнозирования прочности, плотности, крошимости, водопоглощения, низкотемпературного термолиза при переработке торфа, сапропеля и другой органики на газ и других характеристик продукции на различных стадиях её производства и переработки на основе разработанной энергетической теории структурообразования различных материалов (торф, сапропель, органические и органоминеральные композиты и др.). Разработаны новые технологии добычи торфа.