До пятилетнего возраста молодой царевич Алексей оставался на попечении у царских «мам». С пяти лет под надзором Б. И. Морозова он стал учиться грамоте по букварю, затем приступил к чтению Часослова, Псалтыри и Деяний святых апостолов, в семь лет начал обучаться письму, а в девять — церковному пению. С течением времени у ребёнка (11—12 лет) составилась маленькая библиотека; из книг, ему принадлежавших, упоминаются, между прочим, Лексикон и грамматика, изданные в Литве, а также Космография. В числе предметов «детской потехи» будущего царя встречаются: конь и детские латы «немецкого дела», музыкальные инструменты, немецкие карты и «печатные листы» (картинки). Таким образом, наряду с прежними образовательными средствами, заметны и нововведения, которые сделаны были не без прямого влияния Б. И. Морозова. Последний, как известно, одел в первый раз молодого царя с братом и другими детьми в немецкое платье. На 14-ом году царевича торжественно «объявили» народу, а 16-ти лет он, лишившись отца и матери, вступил на престол московский.
Со вступлением на престол царь Алексей стал лицом к лицу с целым рядом тревожных вопросов, волновавших русскую жизнь XVII века. Слишком мало подготовленный к разрешению такого рода вопросов, он первоначально подчинился влиянию бывшего своего дядьки Б. И. Морозова, но вскоре и сам стал принимать самостоятельное участие в делах. В этой деятельности окончательно сложились основные черты его характера. Самодержавный русский царь, судя по его собственным письмам, иностранцев (Мейерберга, Коллинза, Рейтенфельса, Лизека) и отношениям его к окружавшим, обладал замечательно мягким, добродушным характером, был, по словам г. Котошихина, «гораздо тихим». Духовная атмосфера, среди которой жил царь Алексей, его воспитание, характер и чтение церковных книг развили в нём религиозность. По понедельникам, средам и пятницам царь во все посты ничего не пил и не ел и вообще был ревностным исполнителем церковных обрядов. К почитанию внешнего обряда присоединялось и внутреннее религиозное чувство, которое развивало у царя Алексея христианское смирение. «А мне грешному, — пишет он, — здешняя честь, аки прах». Царское добродушие и смирение иногда, однако, сменялись кратковременными вспышками гнева. Однажды царь, которому пускал кровь немецкий «дохтур», велел боярам испробовать то же средство. Родион Стрешнев не согласился. Царь Алексей собственноручно «смирил» старика, но затем не знал, какими подарками его задобрить.
Самюэль Коллинз – английский врач при царском дворе – сообщает, что «Забава его состоит в соколиной и псовой охоте. Он содержит больше трехсот смотрителей за соколами и имеет лучших кречетов в свете, которые привозятся из Сибири и бьют уток и другую дичь. Он охотится на медведей, волков, тигров, лисиц или, лучше сказать, травит их собаками. Когда он выезжает, Восточные ворота и внутренняя стена города запираются до его возвращения. Он редко посещает своих подданных… Когда Царь отправляется за город или в поле для увеселений, он строго приказывает, чтобы никто не беспокоил его просьбами»
Вообще царь умел отзываться на чужое горе и радость; замечательны в этом отношении его письма к А. Ордину-Нащокину и князю Н. Одоевскому. Мало тёмных сторон можно отметить в характере царя Алексея. Он обладал скорее созерцательной, пассивной, а не практической, активной натурой. Он стоял на перекрёстке между двумя направлениями, старорусским и западническим, примирял их в своём мировоззрении, но не предавался ни тому, ни другому со страстной энергией Петра. Царь был не только умным, но и образованным человеком своего века. Он много читал, писал письма, составил «Уложение сокольничья пути», пробовал писать свои воспоминания о польской войне, упражнялся в версификации. Он был человеком порядка по преимуществу; «делу время и потехе час» (то есть всему своё время) — писал он; или: «без чина же всякая вещь не утвердится и не укрепится».
Известно, что Алексей Михайлович лично занимался вопросами организации армии. Сохранилось штатное расписание рейтарского полка, выполненное самим государем. Секретарь датского посольства Андрей Роде, свидетельствует, что государь занимался и артиллерией. Как записал он в своем дневнике: 11 апреля 1659 года «Полковник (Бауман) показал нам тоже чертеж пушки, которую изобрел сам великий князь (царь Алексей Михайлович)».
Этот чин, однако, нужно было утвердить при вступлении 16-летнего царя на престол. Молодой царь сильно подчинился влиянию Бориса Морозова. Задумав жениться, он в 1647 г. выбрал на смотре невест себе в жены Евфимию, дочь Рафа Всеволожского, но отказался от своего выбора благодаря интригам, в которые, вероятно, замешан был сам Морозов. В 1648 году, 16 января, царь заключил брак с Марьей Ильиничной Милославской; вскоре за тем Морозов женился на сестре её Анне. Таким образом Б. И. Морозов и тесть его И. Д. Милославский приобрели первенствующее значение при дворе. К этому времени, однако, уже ясно обнаружились результаты плохого внутреннего управления Б. И. Морозова. Царским указом и боярским приговором 7 февраля 1646 г. установлена была новая пошлина на соль. Эта пошлина заменила не только прежнюю соляную пошлину, но и ямские и стрелецкие деньги; она превосходила рыночную цену соли — главнейшего предмета потребления — приблизительно в 1? раза и вызвала сильное недовольство со стороны населения. К этому присоединились злоупотребления И. Д. Милославского и молва о пристрастии царя и правителя к иностранным обычаям. Все эти причины вызвали народный бунт (Соляной бунт) в Москве и беспорядки в других городах; 25-го мая 1648 г. народ стал требовать у царя выдачи Б. Морозова, затем разграбил его дом и убил окольничего Плещеева и думного дьяка Чистого. Царь поспешил тайно отправить любимого им Б. И. Морозова в Кирилло-Белозерский монастырь, а народу выдал Плещеева. Новая пошлина на соль отменена была в том же году. После того, как народное волнение стихло, Морозов вернулся ко двору, пользовался царским расположением, но не имел первенствующего значения в управлении.
Царь Алексей возмужал и уже более не нуждался в опеке; сам он писал Никону в 1661 году, «что слово его стало во дворце добре страшно». — Слова эти, однако, на деле не вполне оправдались. Мягкая, общительная натура царя нуждалась в советчике и друге. Таким «особинным», особенно любимым другом стал Никон. Будучи в то время митрополитом в Новгороде, где со свойственной ему энергией он в марте 1650 года усмирял мятежников, Никон овладел доверием царским, посвящён был в патриархи 25 июля 1652 года и стал оказывать прямое влияние на дела государственные. Из числа последних особенное внимание правительства привлекали внешние отношения.
Ещё в конце 1647 года казацкий сотник Зиновий Богдан Хмельницкий бежал с Украины в Запорожье, а оттуда в Крым. Вернувшись с татарским войском и избранный в гетманы казацкой радой, он поднял всю Украину, поразил польские войска при Жёлтых Водах, Корсуни, Пиляве, осаждал Замостье и под Зборовом заключил выгодный мир; потерпевши неудачу под Берестечком, он согласился под Белой Церковью на мир гораздо менее выгодный, чем Зборовский. В течение всего этого времени Алексей Михайлович занимал выжидательную политику: он не помогал ни Хмельницкому, ни Речи Посполитой. Однако царские войска приняли участие в подрыве казацко-крымского союза, направленного на изгнание поляков с Украины: накануне битвы при Пилявцах донские казаки по приказу царя напали на Крым и орда не смогла выступить на помощь казацкой армии.
Белоцерковский мир возбудил народное неудовольствие; гетман принуждён был нарушить все условия и в стеснённых обстоятельствах обратился с просьбой о помощи к «царю восточному». На соборе, созванном по этому поводу в Москве, 1 октября 1653 решено было принять казаков в подданство и объявлена война Польше. 18 мая 1654 сам царь выступил в поход, съездив помолиться к Троице и в Саввин монастырь. Свидетель событий так описывал царя, который выехал во главе войска: «ехал сам царь, окруженный 24 алебардистами, из коих два предшествующие несли два палаша. Царь в богатой броне, сверх которой была у него короткая одежда, украшенная золотыми позументами, на груди открытая, чтобы можно было видеть броню. Поверх этой одежды, у него было другое одеяние, чрезвычайно длинное, отовсюду висячее, с одной только стороны закрытое, шитое золотом: на этом одеянии видны были три большие выпуклости, усаженные драгоценными камнями и жемчугом. На голове у него был шлем, вверху, по старинной форме, заостренный, а на нём было царское золотое яблоко с крестом, усаженным также драгоценными камнями. Спереди каски был солитер, вправленный крупный драгоценный камень, ценимый в несколько тысяч».
Войско направилось к Смоленску. После сдачи Смоленска 23 сентября царь вернулся в Вязьму. Весной 1655 года предпринят был новый поход. 30 июля царь совершил торжественный въезд в Вильну и принял титул «государя Полоцкого и Мстиславского», а затем, когда взяты были Ковно и Гродно, «великого князя Литовского, Белой России, Волынского и Подольского». В ноябре царь вернулся в Москву. В это время успехи Карла X, короля шведского, завладевшего Познанью, Варшавой и Краковом, изменили ход военных действий. В Москве стали опасаться усиления Швеции за счёт Польши. С целью занять денег для ведения войны с Польшей и Швецией Алексей Михайлович направил в 1656 году в Венецию дипломата Ивана Чемоданова, но его посольство не выполнило своей задачи. Осенью 1656 года с Речью Посполитой было заключено Виленское перемирие.
15 июля 1656 года царь двинулся в поход в Ливонию и по взятии Динабурга и Кокенгузена осадил Ригу. Осада снята была из-за слуха, что Карл Х идёт в Ливонию. Дерпт был занят московскими войсками. Царь отступил в Полоцк и здесь дождался перемирия, заключённого 24 октября 1656 года. В 1657—1658 годах военные действия продолжились с переменным успехом. 20 декабря 1658 года было заключено Валиесарское перемирие со шведами сроком на три года по которому Россия удержала часть завоёванной Ливонии (с Дерптом и Мариенбургом). Окончательный мир заключён в Кардисе в 1661; по этому миру Россия уступила все завоёванные места. Невыгодные условия Кардисского мира вызваны были смутами в Малороссии и новой войной с Польшей.
После смерти Богдана Хмельницкого в июле 1657 года на Чигиринской раде козацкая старшина возложила гетманские обязанности на Ивана Выговского, но только до достижения Юрием Хмельницким полнолетия.
На Корсунской раде 21 октября 1657 г. в атмосфере острых противоречий Иван Выговский был избран гетманом Украины. Яркая, но противоречивая личность нового гетмана могла только усилить смуту на Украине. С одной стороны, в условиях, когда Украина всё ещё вела войну за национальное возрождение, стать признанным всеми лидером корыстолюбивый писарь, не «природный казак», а купленный у татар за лошадь «лях», вдобавок женатый на дочери польского магната, — не мог. Но с другой стороны, с 1648 г. он служил генеральным писарем и, являясь ближайшим к Б. Хмельницкому доверенным лицом, был единственным человеком на Украине, посвященным во все внутренние и внешние политические проблемы. Таким образом, уже само избрание И. Выговского гетманом вызывало много противоречий и не могло создать единства на Украине . Уже в октябре 1657 г. гетман столкнулся с мощной оппозицией. Всецело поддержанному Москвой гетману, удалось вначале разгромить оппозиционеров, во главе которых стояли полтавский полковник Мартын Пушкарь и кошевой атаман Яков Барабаш, но противоречия внутри казацкого общества продолжали накаляться. Увидев усугубление гражданской войны, Москва все настойчивее предлагает гетману свою помощь в усмирении беспорядков и «бунта», а оппозицию уговаривает подчиниться гетману.
После измены Выговского и перехода на сторону Польши, в начавшейся на Украине гражданской войне, в которой Выговского поддерживала польская корона, а за спиной Юрия Хмельницкого стояли опытные полковники его отца Иван Богун, Иван Сирко, Яким Сомко, активно поддерживаемые Алексеем Михайловичем, победу одержали сторонники союза с Москвой, и Выговский был вынужден сложить гетманскую булаву в пользу политически малоактивного Юрия Хмельницкого, который впоследствии постригся в монахи и ушёл в монастырь.
Воспользовавшись изменой гетмана и смутами в Малороссии, Польша отказалась признавать Алексея Михайловича наследником польского престола и не уступала Москве её завоеваний. Следствием этого была вторая польская война. В июне 1660 года князь Хованский потерпел поражение у Полонки, в сентябре — Шереметев под Чудновым. Дела приняли ещё более опасный оборот благодаря продолжавшимся в Малороссии смутам. Тетеря присягнул королю, который явился на левой стороне Днепра, но после неудачной осады Глухова в начале 1664 года и успешных действий его противников — Брюховецкого, избранного гетманом на левой стороне Днепра, и князя Ромодановского — ушёл за Десну. А. Ордин-Нащокин советовал царю отказаться от Малороссии и обратиться на Швецию. Алексей Михайлович отклонил это предложение; он не терял надежды. Благоприятному исходу борьбы способствовали внутренние беспорядки в Польше и переход гетмана Дорошенко, преемника Тетери, в подданство турецкому султану. 13 января 1667 года заключён был мир в деревне Андрусов. Царь Алексей Михайлович по этому миру приобрёл Смоленск, Северскую землю, левую сторону Днепра и, кроме того, Киев на два года.
Во время войн 1654—1658 годов царь часто отсутствовал в Москве, находился, следовательно, вдали от Никона и присутствием своим не сдерживал властолюбия патриарха. Вернувшись из походов, он стал тяготиться его влиянием. Враги Никона воспользовались охлаждением к нему царя и непочтительно стали относиться к патриарху. Горделивая душа архипастыря не могла снести обиды; 10 июля 1658 он отказался от своего сана и уехал в Воскресенский монастырь. Государь, однако, не скоро решился покончить с этим делом. Лишь в 1666 году на духовном соборе под председательством александрийского и антиохийского патриархов Никон был лишён архиерейского сана и заточен в Белозерский Ферапонтов монастырь. В тот же период войн (1654—1667) царь Алексей Михайлович лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, особенно в Вильно, и здесь ознакомился с новым образом жизни; по возвращении в Москву он сделал перемены в придворной обстановке. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и мебель на немецкий и польский образец. Снаружи резьба стала фигурной, во вкусе рококо, а не только лишь на поверхности дерева по русскому обычаю.
В 1654 распорядился из накопленных в казне талеров отчеканить рубли. На одной стороне был изображен орел в квадрате (картуше) и в орнаментах, дата буквами и надпись "рубль". На другой стороне царь-всадник на скачущем коне, по кругу надпись: «Божиею милостию великий государь, царь и великий князь Алексей Михайлович всея Великия и Малыя России». В связи со сложностью изготовления штемпелей не удалось перечеканить все имеющие талеры. В 1655 году талеры стали надчеканивать с одной стороны двумя штемпелями (прямоугольным с датой "1655" и круглым штемпелем копейки (всадник на коне)). Такая монета получила название "Ефимок с признаком". Ефимок и рубль приравнивались к 64 копейкам (по весу), хотя ранее цена варьировалась от 40 до 60 копеек. Разрубленный на четыре части талер надчеканивали, таким образом появилась в обращение четвертина (полуполтинник). Была введена ещё монета полуефимок (разрубленный пополам талер с надчеканом). "Ефимок с признаком" и его доли (полуефимок и четвертина) имели хождение в основном на Украине.
Был введен в обращение медный полтинник. Надпись на полтиннике вокруг всадника на идущем коне: «Божиею милостию царь и великий князь Алексей Михайлович всея Руси». На рублях и полтинниках присутствовала дата славянской цифирью (буквами) в переводе "лета 7162", т.е. по летоисчислению от Сотворения Мира.
Собирание налогов было велено производить серебром, а выплаты из казны — медными монетами. Таким образом царь быстро пополнил казну серебром. Однако, крестьяне отказывались продавать зерно, а купцы — товары за медь, следствием чего стал медный бунт. Впоследствии медные монеты были изъяты из обращения. Монетная реформа Алексея Михайловича считается неудачной и только при Петре Первом началась чеканка монет, по качеству не уступающим европейским монетам.
Едва успела стихнуть война с Польшей, как правительство должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки, на Соловецкое возмущение и бунт Разина. С падением Никона не уничтожено было главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь; осаждённый с 1668 года, он взят был воеводой Мещериновым 22 января 1676 г.; мятежники были перевешаны. В то же время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбив караван гостя Шорина в 1667 г., Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принёс повинную. В мае 1670 года он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Чёрный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял черемису, чувашей, мордву, татар, но под Симбирском разбит был князем Ю. Барятинским, бежал на Дон и, выданный атаманом Корнилом Яковлевым, казнён в Москве 6 июня 1671 года.
Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из-за Малороссии. Брюховецкий изменил Москве, но и сам был убит приверженцами Дорошенка. Последний стал гетманом обеих сторон Днепра, хотя управление левой стороной поручил наказному гетману Многогрешному. Многогрешный избран был в гетманы на раде в Глухове (в марте 1669 г.), снова перешёл на сторону Москвы, но свергнут старшинами и сослан в Сибирь. На его место в июне 1672 г. избран Иван Самойлович. Между тем турецкий султан Магомет IV, которому поддался Дорошенко, не хотел отказаться и от левобережной Украйны. Началась война, в которой прославился польский король Ян Собеский, бывший коронным гетманом. Война окончилась 20-летним миром лишь в 1681 году.
Из внутренних распоряжений при царе Алексее можно выделить следующее: запрет беломестцам (монастырям и лицам, находившимся на государственной, военной или гражданской службе) владеть чёрными, тяглыми землями и промышленными, торговыми заведениями (лавками и проч.) на посаде; окончательное прикрепление тяглых классов, крестьян и посадских людей, к месту жительства; переход воспрещён был в 1648 г. не только крестьянам-хозяевам, но и детям их, братьям и племянникам.(По Соборному Уложению 1649 г.)
Основаны новые центральные учреждения, каковы приказы: Тайных дел (не позже 1658 года), Хлебный (не позже 1663 года), Рейтарский (с 1651 года), Счётных дел (упоминается с 1657 года), занятый проверкой прихода, расхода и остатков денежных сумм, Малороссийский (упоминается с 1649 года), Литовский (1656—1667), Монастырский (1648—1677).
В финансовом отношении сделано также несколько преобразований: в 1646 году и следующих годах совершена перепись тяглых дворов с их совершеннолетним и несовершеннолетним населением мужского пола, сделана неудачная вышеуказанная попытка введения новой соляной пошлины; указом от 30 апреля 1653 года запрещено было взимать мелкие таможенные пошлины (мыт, проезжие пошлины и годовщину) или отдавать их на откуп и велено было зачислить в рублёвые пошлины, взимаемые в таможнях; в начале 1656 года (не позже 3-го марта) ввиду недостатка денежных средств выпущены медные деньги. Вскоре (с 1658 года) медный рубль стал цениться в 10, 12, а в 1660-х годах даже в 20 и 25 раз дешевле серебряного; наступившая вследствие этого страшная дороговизна вызвала народный мятеж (Медный бунт) 25 июля 1662 года. Мятеж усмирён обещанием царя наказать виновных и высылкой стрелецкого войска против мятежников. Указом от 19 июня 1667 года. велено было приступить к постройке кораблей в селе Дединове на Оке; впрочем, выстроенный тогда же корабль сгорел в Астрахани.
В области законодательства: составлено и издано Соборное уложение (печаталось в 1-й раз 7—20 мая 1649 года) и пополняющие его в некоторых отношениях: Новоторговый устав 1667 года, Новоуказные статьи о разбойных и убийственных делах 1669 года, Новоуказные статьи о поместьях 1676 года, воинский устав в 1649 года. Также Россия объединилась с Украиной в 1654 году.
При царе Алексее продолжалось колонизационное движение в Сибирь. Прославились в этом отношении: А. Булыгин, О. Степанов, Е. Хабаров и другие. Основаны Нерчинск (1658 год), Иркутск (1659 год), Пенза (1663 год), Селенгинск (1666 год).
В последние годы правления царя Алексея при дворе особенно возвысился Артамон Сергеевич Матвеев. Через два года после смерти М. И. Милославской (4 марта 1669 г.) царь женился на его родственнице Наталье Кирилловне Нарышкиной, 22 января 1671 г. Матвеев, поклонник западноевропейских обычаев, давал театральные представления, на которые ходил не только сам царь, но и царица, царевичи и царевны (например, 2 ноября 1672 г. в селе Преображенском). 1-го сентября 1674 г. царь «объявил» сына своего Фёдора народу как наследника престола, а под 30 января 1676 г. умер 47-ми лет от роду.
Алексей Михайлович был отцом 16 детей от двух браков. Трое из его сыновей впоследствии царствовали. Ни одна из дочерей Алексея Михайловича не вышла замуж.