Алексей Сидоров родился 22 августа 1968 в г. Северодвинск. Закончил филологический факультет Петрозаводского университета по специальности «русский язык и литература». Затем Алексей Сидоров учится на Высших курсах сценаристов и режиссёров (мастерская В. Д. Рубинчика), которые заканчивает в 1999 году.
В 2000 году Алексей Сидоров работает режиссёром монтажа на картине «Рыцарский роман» (он же — соавтор сценария). Первая крупная самостоятельная работа в кино в качестве режиссёра — многосерийный телевизионный художественный фильм «Бригада», который Алексей снимает по своему сценарию, написанному в соавторстве с Игорем Порублевым и Александром Велединским. В 2003 году сериал «Бригада» был награждён премией «ТЭФИ» в номинации «Телевизионный художественный сериал» и и премией «Золотой орёл» в номинации «Лучший сериал (свыше 10 серий)».
В 1988 году вступил в брак, который был вскоре расторгнут. Судом А. Сидоров и его бывшая супруга Лариса лишены родительских прав. Сын Леонид (род.1989) воспитывался в интернате, в настоящее время за уголовное преступление отбывает длительный срок тюремного заключения.