Алексей Люпов родился в 1872 году в Ставрополе в семье военного.
Окончил Нижегородский Аракчеевский кадетский корпус, после окончания которого (17 июля 1892 года) вступил в 10-й пехотный Ингерманландский полк рядовым на правах вольноопределяющегося. С 26 августа 1892 года начинает учёбу в Московском пехотном юнкерском училище. Из-за слабого зрения ему было разрешено носить очки при стрельбе.
8 августа 1894 года стал кадровым офицером в чине подпоручика, зачислен в Михайловскую крепостную артиллерию (Батум). 19 июля 1898 года получил звание поручика, 19 августа 1901 года — штабс-капитана.
В 1900—1901 годах принимал участие в боевых действиях в ходе подавления боксёрского восстания. Весьма успешно принимал участие в штурме крепости Бэйтан, когда после артиллерийского обстрела крепости совместно российско-немецкими батареями крепость пала без атаки пехоты. За эту операцию Люпов был награждён как российскими, так и иностранными орденами.
По окончании восстания занимался строительством укреплений в Порт-Артуре. С 1903 по 1904 год вёл дневник, который позже готовился его братом к публикации, однако так не был издан.
Во время Русско-японской войны 1904—1905 годов участвовал в обороне Порт-Артура (с 30 июля по 23 декабря 1904 года), командовал батареей 9-дюймовых мортир. После падения города, подобно многим другим офицерам, отказавшимся дать обещание никогда не воевать с Японией, оказался в японском плену. Пробыл в плену год, получив там туберкулёз правого лёгкого.
2 февраля 1907 года, после возвращения в Россию ушёл в отставку в чине штабс-капитана, получил пенсию, занимался изобретательством.
С 1908 по 1911 год в Министерстве промышленности и торговли им было запатентовано 15 изобретений в области авиации, медицины и астрономии.
В 1911 году переехал в деревню Ермаково Самарской губернии, где планировал построить сахарный завод. Для этого Люпов купил большой участок земли на берегу Волги у села Ермаково и нанял крестьян для строительства собственного дома, заранее щедро оплатив их труд. Пока шло строительство, Люпов жил в дощатой будке дебаркадера на купеческой пристани. Слух о богатом и щедром барине привлёк любителей лёгкой наживы. В ночь на 25 сентября ст. стиля 1911 года отставной штабс-капитан был убит спящим двумя братьями из Ермаково, местными крестьянами, рассчитывавшими его ограбить. Им стало известно, что в тот день Люпов должен был получить денежный перевод (который он так и не получил).
Разбойники сбросили тело штабс-капитана в Волгу, ниже по течению которой оно было обнаружено на следующий день. На теле Люпова насчитали 9 ран от топора. 2 ноября 1912 года убийц судили.
награждён в порядке исключения в обход «Табеля о рангах»;
Узнав о гибели Алексея Николаевича, его старший брат, Сергей Николаевич Люпов, также кадровый военный (в 1914 году —— генерал-майор), приехал в Винновку и поставил на месте убийства (где стоял дебаркадер) часовню-склеп, в которой и похоронили Алексея Люпова в полной форме штабс-капитана. На горе над часовней был установлен памятный крест, на одной стороне которого был изображён Христос, а на другой имелась надпись: «А. Н. Люпову» и эпитафия: «Кровью венчавшемуся». Сейчас эти элементы отделки креста утеряны. Часовня имеет четыре башенки, увитые металлическими резными карнизами.
В годы Советской власти могила царского офицера оказалась забыта и заброшена. Сведения о том, зачем стоит крест и кто похоронен в часовне, местные краеведы не афишировали. Постепенно часовня обветшала и была превращена в отхожее место, крест весь был исписан граффити, однако ни часовня, ни крест не были уничтожены. После сооружения Жигулёвского водохранилища и снижения уровня воды в Волге, часовня оказалась в 4 метрах над уровнем воды и лишилась доступа с реки.
Только в 1983 году, в ходе Жигулёвской кругосветки, туристы, высадившись у часовни, привели место в приличный вид. С тех пор каждый год команда туристов посещает часовню и наводит порядок. Постепенно выяснилось, когда была построена часовня и кто в ней похоронен. Однако уберечь место захоронения от варварских набегов не удалось. Памятная плита вскоре была сорвана с креста, нет теперь на крыше часовни маковки, икона, висевшая над входом, похищена, чугунную кружевную решетку, которая была у подножия креста, тоже унесли. Выломали с камня чашу, сбили подсвечник. В настоящее время часовня поддерживается в сравнительно хорошем состоянии, установлена мемориальная табличка.