Сын подьячего вологодской воеводской канцелярии. Петр заметил его в Вологде в 1693 году и взял к себе. По другим данным начинал службу в ижорской канцелярии Меньшикова, в Кабинет царя взят в 1704 году.
Очень незнатного происхождения, не занимая официально никакого выдающегося поста, Макаров Алексей Васильевич, благодаря своей приближённости к Петру I, имел весьма большое влияние, с которым приходилось считаться современникам, начиная с членов царского дома и кончая иностранными дипломатами.
Макаров Алексей Васильевич всюду сопровождал царя, бывал с Петром Великим за границей, более всех способствовал возведению на престол Екатерины I, которая назначила его тайным советником.
При Петре II Макаров Алексей Васильевич должен был искать себе «милостивцев» и нашёл их в лице Долгоруких, которые доставили ему должность президента камер-коллегии; это не помешало ему при Анне Иоанновне перейти на сторону врагов Долгоруких.
В 1732 году Макаров Алексей Васильевич одним из своих родственников, поссорившимся с ним по поводу открывшегося наследства, обвинён был во взяточничестве и утайке секретных бумаг. По этому доносу производила в 1732—1734 годах. следствие особая комиссия, признавшая обвинение не доказанным. Тем не менее Макаров Алексей Васильевич был освобождён не ранее 1740 году, так как был запутан в сеть интриг, с помощью которых Феофан Прокопович боролся с своими многочисленными врагами. Дела следственной комиссии о Макарове, хранящиеся в моск. архиве министерства юстиции, опровергают, между прочим, показание Гельбига о крайней малограмотности Макарова Алексея Васильевича.
Ср. «Описание документов и бумаг, хранящихся в моск. архиве министерства юстиции» (кн. VI, Макаров Алексей Васильевич, 1889); «200-летие Кабинета Его Величества» (Санкт-Петербург, 1911).
Похоронен Макаров в своём поместье — селе Глебовское (Переславский район).
Первым браком А. В. Макаров был женат на Феодосии Ивановне Топильской. В браке родились:
Вторым браком — на княжне Анастасии Ивановне Одоевской