Родился в семье Алексея Николаевича Венедиктова и Элеоноры Абрамовны Дыховичной. «Отец погиб за неделю до моего рождения. Никогда в жизни я его не видел. Он был офицером подводной лодки. Погиб в 1955 году. Мама умерла семь лет назад, мы с ней не говорили об этом. Как-то я всегда сам себе был предоставлен. Я человек, который сам себя сделал» (Из интервью).
Внук известного советского архитектора и инженера-конструктора Нины Абрамовны Дыховичной, преподавателя Московского архитектурного института, главного специалиста ЦНИИЭП жилища, автора проекта инженерной конструкции гостиницы «Украина» в Москве, заслуженного строителя России. Её отец (прадед Венедиктова) — видный российский инженер-конструктор, профессор МГУ Абрам Ионович Дыховичный, братья — писатель-сатирик и драматург Владимир Абрамович Дыховичный и архитектор, профессор Юрий Абрамович Дыховичный. Другой дед служил в НКВД.
После школы Алексей Венедиктов поступил на вечернее отделение исторического факультета МГПИ, одновременно с этим работал почтальоном. После окончания института в 1978 году в течение 20 лет преподавал историю в средней общеобразовательной школе № 875 города Москвы.
Также преподавал в конце 1970-х в средней школе № 177.
Как журналист — ученик Владимира Мукусева.
На радиостанции «Эхо Москвы» работает с августа 1990 года. Начинал с должности газетного обозревателя и корреспондента (в частности, был в Белом доме во время противостояния президента Бориса Ельцина и Верховного Совета), затем стал политическим обозревателем, возглавил информационную службу и, наконец, в феврале 1998 года был избран на пост главного редактора радиостанции.
Алексей Алексеевич так рассказал о том, как он попал на «Эхо», и о своей первой работе:
С 2002 года — президент телекомпании «Эхо-ТВ».
В сентябре 2006 года попробовал себя в качестве ведущего программы телеканала «Домашний» «В круге света».
Владеет 18% акций ЗАО «Эхо Москвы».
Критика в основном связана с проводимой Венедиктовым политикой радиостанции.
В августе 2008 года Владимир Путин вызвал 35 руководителей СМИ (в том числе Венедиктова) в свою резиденцию в Сочи и сделал последнему строгий выговор. Путину не понравилось то, как радиостанция «Эхо Москвы» освещала российско-грузинский конфликт в Южной Осетии. Путин достал стопку стенограмм передач «Эхо Москвы», на которых были основаны его претензии, и заявил: «Вам придётся за это отвечать, Алексей Алексеевич!» Венедиктов пообещал частично учесть замечания Путина в своей работе. Венедиктов также сказал, что не согласился с некоторыми из жалоб Путина.
В 2001 году Путин, разъясняя Венедиктову, кто он в его глазах, сказал: «Враги прямо перед тобой, ты с ними воюешь, потом заключаешь перемирие, и всё ясно. Предателя нужно уничтожить, раздавить. Знаете, Алексей, вы не предатель. Вы враг». Несмотря на непростые отношения, сложившиеся между ним и главным редактором «Эха» в период войны на Кавказе, Путин сказал несколько тёплых слов в адрес журналиста и возглавляемой им радиостанции. В 2006 году он поздравлял его телеграммой с 50-летием. В 2008 году Путин поздравил Венедиктова с Днём народного единства, пожелав «успехов в профессиональной деятельности». Но даже сейчас Алексей Венедиктов не стесняется говорить о том, в чем ошибаются Путин и Медведев.
Его же самого определяют как "консерватора-неолиберала".