Шабрие родился в городке Амбер в Оверни в семье адвоката. С шести лет он начал заниматься музыкой, а 1859 годом датируются его первые сочинения для фортепиано. После переезда семьи в Клермон-Ферран в 1852 Шабрие параллельно с учёбой в лицее брал уроки у польского эмигранта скрипача Александра Тарновского, а с переездом в Париж в 1856 поступил в лицей Сен-Луи, по завершении которого получил звание бакалавра и после окончания школы права в 1861 поступил на службу в министерство внутренних дел. Одновременно Шабрие продолжал писать фортепианные пьесы и наряду с интересом к Вагнеру познакомился с парнасцами и работал над двумя незавершёнными опереттами на либретто Поля Верлена. В 1873 Шабрие женился на Мари-Алис Дежан, с которой имел трёх сыновей, один из которых умер в раннем детстве. В то же время он начинает работать для театра, первым завершённым произведением для которого стала опера «Звезда», поставленная в 1877 и имевшая успех. В этот период Шабрие вступает в артистические круги Парижа, где поддерживает наибольшее знакомство с композиторами Форе, Шоссоном, д’Энди и такими художниками, как Мане, Дега, Фантен-Латур.
В 1880 Шабрие уходит в отставку и полностью посвящает себя музыкальным занятиям, став помощником Шарля Ламурё по популяризации немецкой музыки. В том же году появляется фортепианный цикл из 10 пьес «Пьесы-картины». В 1882 Шабрие совершает путешествие в Испанию, после которого на следующий год появляется рапсодия для оркестра «Испания», ставшая наиболее известным произведением композитора. Написанная в 1885 опера из англо-саксонских времён «Гвендолина» после двух представлений была снята с репертуара из-за банкротства импресарио. В 1887 Шабрие завершает оперу «Король поневоле», посвящённую королю Польши Генриху Валуа, которая наряду с «Гвендолиной» с успехом идёт в Лейпциге и Мюнхене.
В последние годы жизни Шабрие испытывал серьёзные финансовые проблемы, а также страдал от сифилиса и депрессии, вызванной неудачей опер во Франции. В 1893 он был парализован и скончался на следующий год. Несмотря на своё желание быть похороненным рядом с Мане, композитор был погребён на кладбище Монпарнас.
Также Шабрие был коллекционером, собиравшим в основном работы своих друзей-импрессионистов, в том числе Мане, Моне, Сезанна, Ренуара, Сислея. Среди прочих работ в его коллекции находился Бар в «Фоли-Бержер» Мане.
Немногочисленная по количеству музыка Шабрие легка, оптимистична, ярка, мелодична и отличается богатством гармонии, ритма и оркестровки. Кроме опер, композитор также был автором оркестровых произведений, включающих в себя Lamento и Larghetto для валторны и оркестра (оба — 1875), рапсодию для оркестра «Испания» (1883) и сделанные в 1888 оркестровки фортепианных пьес, включающие Пасторальную прелюдию, Радостный марш и Пасторальную сюиту. Среди его фортепианных сочинений, кроме «Пьес-картин», выделяется «Фантастическое бурре», написанное в 1891 и дооркестрованное после смерти композитора Феликсом Моттлем в 1898. Также Шабрие был автором песен.