Выступал за клубы «Нанси» (1971—1975, 1983—1993) «Вараньевилль» (1976—1981).
В 1983—1987 годах был играющим тренером «Нанси», работал специалистом по юниорам при Арсене Венгере. Доработав там до 1993 года, был приглашён в качестве главного тренера в «Труа», с которым за 6 сезонов трижды выходил в более сильный дивизион, пока в 1999 году не вышел в первый дивизион. В сезоне 2000/2001 клуб квалифицировался в кубок Интертото, откуда добрался до второго раунда кубка УЕФА.
В сезоне 2002/2003 возглавил марсельский «Олимпик» и сразу завоевал третье место в чемпионате. Однако следующий сезон у команды начался не столь удачно, и в январе 2004 года его уволили. В том же году он принял клуб «Аль-Айн» из ОАЭ, но в октябре его уволили и оттуда.
В апреле 2005 года Перрена пригласили в английский «Портсмут», где он заменил исполнявшего обязанности главного тренера Велимира Заеца после ухода в ноябре Гарри Реднаппа. Новый тренер помог команде избежать вылета из премьер-лиги, но в следующем ноябре, после того, как в 20 встречах под его руководством было одержано всего 4 победы, он был отправлен в отставку.
Вернулся в футбол Перрен через полгода, когда ему предложили возглавить «Сошо». В чемпионате команда финишировала седьмой, выиграв также кубок Франции сезона 2006/2007. Следующий сезон он начал уже с «Лионом», которому он помог выиграть суперкубок, кубок Франции и очередное чемпионство, после чего его отправили в отставку по просьбе тренерского штаба во главе с Робером Дюверном.
11 ноября 2008 года Перрен принял «Сент-Этьен» после провального старта сезона.
Как главного тренера «Труа»:
Как главного тренера марсельского «Олимпика»:
Как главного тренера «Сошо»:
Как главного тренера лионского «Олимпика»: