Скауты «Лацио» заметили Несту на одном из детских турниров, проходящем в Сан-Базилио; с восьмилетнего возраста Алессандро играл за римский клуб «Чинечитта», к руководству которого и обращались представители обеих больших столичных команд с просьбой продать им юного таланта. И руководство это, представляющее из себя в основном тренеров команды, едва ли не умоляли молодого защитника согласиться на переход, суливший «Чинечитте» что-то около десяти тысяч долларов. "Если и переходить, — говорил Неста, — то только в «Лацио», а реальные условия усерднее предлагала «Рома». «К тому же, — вспоминает футболист, — от такой сделки моим родителям не перепало бы ни лиры». Вскоре всё же состоялся долгожданный альянс с «Лацио», за который болело семейство Алессандро.
Официально карьера Несты в «Лацио» началась в 1992 году, молодому защитнику тогда было всего 16, поэтому, видимо, премьерный сезон в Серии А и выдался не очень успешным — 0 голов, 0 матчей. В 18 лет Алессандро на тренировке сломал ногу своему тогдашнему одноклубнику Полу Гаскойну. Впоследствии защитник скажет, что всякий раз, идя сопернику наперехват, он вспоминает лицо Пола. Дебют в итальянском чемпионате состоялся в матче с «Удинезе» в сезоне 1994-1995, когда команду тренировал Дино Дзофф. Однако реально заиграть удалось уже при Зденеке Земане. Команда играла откровенно плохо, однако в том же сезоне Несте удалось заиграть за молодежную сборную Италии. В её составе Алессандро стал чемпионом Европы, завоевав свой первый профессиональный трофей. Место Земана снова занимает Дзофф, а Неста является уже основным игроком в клубе, напрямую поучаствовав в грандиозном подъёме «Лацио» конца 90-х годов. В подъёме, начавшемся после прихода на тренерский пост шведа Эрикссона. Команда становится второй в Италии в 1999 году, только на финише чемпионата уступив золото «Милану», и, наконец, становится первой в сезоне следующем. Плюс к этому «Лацио» дважды выигрывает кубок страны, и, всё в том же 1999 году, завоёвывает Кубок Кубков — Неста стал последним капитаном, поднявшим над головой этот трофей.
В отборочной кампании на Чемпионат Мира 1998 года защитник впервые удостоился вызова в национальную сборную, дебютировав в ней в Кишинёве в матче против команды Молдавии. Неста в составе итальянской сборной поехал на чемпионат, однако в матче с Австрией получил серьёзную травму. На этом для него турнир был закончен, совсем скоро завершился он и для Италии. На чемпионате Европы через два года Неста был ключевым игроком. Наряду с Тольдо и Каннаваро, он провел блестяще все матчи чемпионата, и стал одной из главных составляющих успеха команды. Команды, которая вновь не выиграла.
Вскоре политика президента «Лацио» Серджио Краньотти начала приводить к спаду команды. Ориентируясь всё больше на экономические выгоды, руководство клуба принимает решение о расставании с Недведом и Вероном, Вьери и Креспо, Саласом и Консейсао. Команда не начала резкое падение, были приобретены Стам, Фьоре, Корради, амбиции «Лацио» продолжали оставаться на высоте, но результаты ожидаемо ухудшались. А Неста продолжал оправдывать своё прозвище «Синьор Надёжность».
Его звездный статус усугублялся от сезона к сезону; в средствах массовой информации всё чаще появлялись сравнения Алессандро с Франческо Тотти — молодым доморощенным капитаном другой римской команды — «Ромы». Как оказалось, пристрастия столичных капитанов во многом схожи: оба обожают Альберто Сорди и его фильмы, из еды оба предпочитают гнокки — маленькие итальянские клёцки. Наконец, оба являются настоящими идолами для болельщиков. Кардинальная разница обнаружилась только в том, что Тотти так и остался верным «Роме», а Неста «Лацио» покинул.
В 2002 году Неста был куплен «Миланом». За бывшего защитника «Лацио» «Милану» пришлось выложить 30 миллионов евро. Неста подписал контракт сроком на 5 лет - до июля 2007 года. Игрок сразу закрепился в составе. Неста отлично сыгрался с Паоло Мальдини, и постоянно выходил в стартовом составе. За это время Неста стал одним из лучших защитников в мире. В сезонах 2002/03 и 2006/07 он в составе «Милана» выиграл кубок Лиги Чемпионов УЕФА.
16 декабря 2007 в финальном матче межконтинентального кубка против Boca Juniors, Неста забил важный гол 2:1 (матч закончился со счётом 4:2).
Сезон 2008/09 Алессандро пропустил из-за тяжелой травмы, вернее её постоянных рецидивов. Но принял участие в одном матче, который был последним для Паоло Мальдини в карьере. Неста вышел на замену за 15 минут до конца, а матч с «Фиорентиной» завершился 2:0 в пользу «россонери».
19 мая 2011 года игрок продлил контракт с «Миланом» сроком до 30 июня 2012 года.
Командные
Личные