Для творчества Кубина характерно изображение фантастических сновидений, выполняемых с нервным ведением штриха. В творчестве Кубина вдохновляли визионерские и символические работы Франциско Гойя, Джеймса Энсора, Одилон Редона, Эдварда Мунка и Макса Клингера. Альфред Кубин преимущественно работал в графике.
С 1898 года Кубин проживал в Мюнхене, где посещал частную художественную школу Людвига Шмидта-Ройтте. 2 мая 1899 года Кубин был зачислен в королевскую академию художеств на курс живописи Николауса Гизиса. Однако вскоре Кубин бросил учёбу. После нескольких учёбных поездок в 1905 году Кубин обосновался в 1906 году в Вернштайне-на-Инне в старинной усадьбе Цвикледт (нем. Zwickledt), где и прожил до конца своих дней вместе со своей женой Хедвиг Грюндлер, сестрой писателя Оскара А. Г. Шмица. С 1928 года Кубин находился в переписке с Карлом Рёссингом и Германом Гессе.
В Цвикледте появился на свет фантастический роман Кубина «Другая сторона», который был издан в 1909 году с многочисленными иллюстрациями автора. Кубин описывает в книге мир галлюцинаций и видений конца света. В свой мир сновидений главное действующее лицо романа (графика по профессии, как и Кубин) пригласил его школьный друг. В этом мире он проводит три года. Изначальное восхищение окружающей обстановкой сменяется в конце концов отвращением.
В том же 1909 году Кубин вместе с Василием Кандинским, Алексеем Явленским, Адольфом Эрбслё, Габриэлой Мюнтер, Марианной Верёвкиной и Карлом Хофером стал соучредителем «Нового мюнхенского художественного объединения», ставшего предшественником «Синего всадника», и участвовал в его первой выставке в 1911 году Альфред Кубин выполнил иллюстрации к 60 книгам, среди которых произведения Ф. М. Достоевского и Эдгара По, опубликовал альбомы печатной графики (1921 «На краю жизни», 1918 «Пляска смерти», 1941 «Приключения рисовального пера»). В его творческом наследии тысячи рисунков пером.
Кубин умер 20 августа 1959 года в Цвикледте и был похоронен на кладбище Вернштайна. Его произведения хранятся в Государственном графическом собрании в венской Альбертине и в Верхнеавстрийском музее в Линце.