Родился в 1932 году семье арабов — выходцев из Хадрамаута.
С 1972 по 1975 год — руководитель секретариата министра иностранных дел, затем — секретариата вице-президента Индонезии Адама Малика.
С 1975 по 1978 год — постоянный представитель Индонезии при международных организациях в Женеве, с 1982 по 1988 год — постоянный представитель Индонезии при ООН в Нью-Йорке.
В марте 1988 года назначен министром иностранных дел Индонезии . При активном участии Алатаса был составлен Устав АСЕАН.
Али Алатас сыграл большую роль в работе Международной конференции по Камбодже в Париже, состоявшейся в 1991 году, на которой была достигнута договорённость о прекращении военных действий между правительством Камбоджи и «красными кхмерами»".
В 1991 году в городе Санта-Круз на Восточном Тиморе, который в то время входил в состав Индонезии, произошли массовые антииндонезийские демонстрации, подавленные правительственными силами. Позже общественное мнение стран Запада не раз обвиняло Алатаса, бывшего сторонником сохранения Восточного Тимора в составе Индонезии, в нарушении права жителей Восточного Тимора на самоопределение и в массовых репрессиях против сторонников независимости.
30 марта 1995 года Алатасу был присвоен титул почётного кавалера Ордена Австралии за заслуги в укреплении индонезийско-австралийских отношений.
В 1996 году Алатас был посредником на переговорах между правительством Филиппин и повстанцами.
С 2003 года — специальный представитель ООН по ситуации в Мьянме. Затем некоторое время занимал пост председателя Президентского консультативного совета (индон. Dewan Pertimbangan Presiden) в администрации президента Сусило Бамбанга Юдойоно.
11 декабря 2008 года в 7 часов 30 минут Али Алатас скончался от сердечного приступа в сингапурской больнице.
Али Алатас был женат, у него было три дочери — Сорайя Алатас (индон. Soraya Alatas), Надира Алатас Шривиджанарко (индон. Nadira Alatas Sriwijanarko) и Фавзия Алатас-Патомпо (индон. Fawzia Alatas-Patompo)
Fawzia Alatas-Patompo.