У Бонго есть дочь Малика Бонго Ондимба и два сына Нуреддин Эдуард Бонго Валентин и Джалил Луис Бонго Валентин.
Бонго также известен как музыкант, часто пишет песни для своей матери Пасьянс Дабани.
30 августа 2009 года в Габоне состоялись президентские выборы в связи со смертью бывшего президента Омара Бонго. В выборах приняли участие около двух десятков кандидатов. В тот же день Али бен Бонго заявил о своей победе.
4 сентября 2009 года, Конституционный суд Габона одобрил итоги президентских выборов, согласно которым Али Бонго стал новым главой государства с 41,7 процента голосов. В прямой трансляции по габонскому телевидению, суд официально объявил его новым президентом страны. Церемония вступления в должность прошла 16 октября.