После битвы при Кербеле Зайн аль-Абидин был взят в плен войсками халифа Язида I, но по своей молодости был пощажен и отпущен в Медину. Там он мирно прожил вплоть до своей смерти в 713 или 714 году. Шиитская традиция утверждает, что он был отравлен по наущению омейядского халифа, то есть стал мучеником за веру, как и все остальные имамы.