16 октября 1994 года была арестована сотрудниками ФСК (ныне ФСБ) по обвинению в хранении и распространении наркотиков. После года, проведённого в Бутырке, выпущена под поручительство Русского Пен-клуба. Отказалась от политического убежища в Швеции. В 1997 году была вновь арестована и провела ещё полгода в тюрьме. Процесс активно освещался российскими СМИ, а также в США, Великобритании, Германии, Швеции и Финляндии. В общей сложности (с апелляцией) процесс длился пять лет. В апреле 1998 года приговорена к полутора годам (в качестве срока ей было засчитано пребывание в предварительном заключении). Общественными защитниками на процессе стали Андрей Вознесенский, Андрей Битов, Александр Ткаченко, Юнна Мориц, Лев Тимофеев.
Поддерживает связи с нонконформистскими политическими и религиозными группами. Проповедует в своем творчестве идеи «Уничтожения реальности» и «Диктатуры Ничто».
Участвовала в выставке «Процесс» с Алёной Мартыновой при поддержке Центра Современного Искусства (TV-Галерея) 1997, фестивале «Неофициальная Москва» 1999.
Стихи Витухновской печатались в журналах «Смена» (№ 3, 1994), «Арион» (№ 4, 1995), «Птюч» (№ 9, 1996), «Новый Мир» (№ 5, 1997), «Октябрь» (№ 6, 1997), «Лилит» (Латвия, № 12, 1997), «Schreibheft» (Германия, № 55, 2000), «Дети Ра» (№ 4, 2004), «Квир» (№ 4, 2007), газетах «Die Zeit», «Литературные новости», «Комсомольская правда», «Литературная газета», «Независимая газета», «День литературы», «Лимонка», «Литературная Россия», и др.
Статьи Витухновской печатались в журналах «Новое время», «Российский адвокат», «Правозащитник», «Музыкальное обозрение», «Index on gensorship» (Великобритания, № 3, 5, 1996), газетах «Die Zeit», «Известия», «Новые известия», «Независимая газета», «Лимонка», «Завтра» и др.
Лауреат премии «Нонконформизм-2010» в номинации «Нонконформизм-судьба» (по совокупности заслуг) с формулировкой «За бесстрашие и твёрдость в отстаивании своих идей».
Координатор движения «Республиканская альтернатива» (РА).