Преподобный Алипий Столпник родился около 515 года (в церковных календарях говорится о рождении в 522 году) в городе Адрианополе в Пафлагонии (источники сообщают о нескольких городах с именем Адрианополь в Малой Азии, один из которых принадлежал географически к Вифинии, а политически к Пафлагонии). Мать его, христианка, рано овдовела и, согласно житию святого, зная о божественном призвании сына, поручила его воспитание Феодору, епископу Адрианопольскому. Житие говорит, что во время рождения сына мать видела чудесное видение, вся комната была наполнена божественным сиянием — в предзнаменование будущей праведной жизни Алипия.
Епископ Феодор посвятил святого Алипия в сан диакона. Однажды Алипию, сопровождавшему своего епископа в Константинополь, явилась во сне святая мученица Евфимия и сказала, чтобы он возвратился на родину и на месте заброшенного языческого кладбища основал церковь в честь её имени.
Тот исполнил указание и начал подвижническую жизнь. Рядом с храмом, под открытым небом святой соорудил себе из старинной колонны столп, находясь на котором 53 года он постоянно молился Богу, а также поучал и наставлял многих, приходящих к нему. Как писал Дмитрий Ростовский,
Бесы, однако, по утверждению жития, побежденные молитвой и стойкостью святого, навсегда покинули это место. За свою деятельность он удостоился дара пророчества, изгнания бесов и исцеления болезней.
Лишь за 14 лет до смерти святой не смог больше стоять и из-за болезни ног лежал на боку, безропотно перенося тяжкие страдания и смиренно благодаря Бога.
Постепенно около столпа возникли два монастыря: мужской и женский, в которых он ввел строгие монашеские уставы и управлял ими до своей смерти. Скончался преподобный Алипий в возрасте более 100 лет, в царствование Ираклия I (610-641 гг.).