Алишер Усманов родился 9 сентября 1953 года в городе Чуст Наманганской области Узбекской ССР, был самым старшим сыном в семье из четырёх человек. По национальности узбек. Отец Алишера Усманова — Бурхан Усманов — был прокурором Ташкента.
В детстве, после прочтения «Трёх мушкетёров», увлёкся шпагами и мушкетёрскими поединками, и родители отдали сына в секцию фехтования. Уже через два года тренировок он вошёл в юношескую сборную республики по фехтованию, а через некоторое время стал мастером спорта и входил уже в сборную команду Союза. В это время впервые увидел свою будущую жену Ирину Винер, которая занималась художественной гимнастикой в том же Дворце спорта.
В 1971 году поступил, а в 1976 году окончил МГИМО по специальности «международное право». Его сокурсником был Сергей Ястржембский. Работал научным сотрудником Академии наук СССР, старшим референтом ЦК ВЛКСМ Узбекистана, генеральным директором Внешнеэкономической ассоциации Советского комитета защиты мира.
В 1966—1981 Усманов являлся членом ВЛКСМ, позднее вступил в КПСС.
В 1980 году Усманов вместе со своим приятелем Насымовым, оперуполномоченным особого отдела КГБ, сыном заместителя председателя КГБ Узбекской ССР, были осуждены на 8 лет лишения свободы по трём статьям Уголовного кодекса. Из заключения Алишер послал Ирине Винер платок, что по узбекскому обычаю означает предложение руки и сердца. Усманов был освобождён условно-досрочно в 1986 году, с формулировками: «ввиду искреннего раскаяния» и «за примерное поведение».
В июле 2000 года Верховный суд Узбекистана полностью реабилитировал Усманова, назвав уголовное дело против него сфабрикованным. По мнению самого Усманова, он стал жертвой политических репрессий. В 2007 году компания, связанная с руководством Лондонского футбольного клуба «Арсенала», наняла частного детектива для того, чтобы расследовать прошлое Усманова. Расследование заняло полгода, во время которого детектив посещала Ташкент, после чего детектив сообщила заказчикам, что не получила результатов, заявив, что власти Узбекистана «запутывают» расследование.
После освобождения из колонии Алишер Усманов организовал для состоятельных иностранцев охоту в горах Памира в Узбекистане.
После, с помощью университетских друзей перебрался в Россию. Первыми бизнесами Усманова в России стал цех по производству полиэтиленовых пакетов на базе Раменского завода пластмасс в Московской области, а также поставки табака. В это же время он закончил Финансовую академию при Правительстве РФ по специальности «банковское дело».
В 1990—1998 годах — первый заместитель гендиректора ЗАО «Интеркросс».
В 1992 году Алишер Усманов женился на Ирине Винер.
В 1993 году «Первый русский независимый банк», в котором Алишер Усманов входил в состав совета директоров, выступил в качестве соучредителя МАПО-банка.
В 1994—1995 годах — советник генерального директора Московского авиационного производственного объединения (МАПО).
В 1995—1997 годах — первый заместитель председателя правления МАПО-банка.
В 1994—1998 годах — гендиректор Межбанковской инвестиционно-финансовой компании «Интерфин» (ЗАО «МИФК „Интерфин“»).
В 1997 году окончил Финансовую академию при правительстве РФ по специальности «банковское дело».
В 1997 по 2001 годы — член совета директоров ОАО «Архангельскгеодобыча» (АГД).
С ноября 1998 года по февраль 2000 года — первый заместитель гендиректора ООО «Газпроминвестхолдинг».
С ноября 2000 года по июль 2001 года исполнял обязанности советника председателя правления ОАО «Газпром».
С февраля 2000 по настоящее время — гендиректор ООО «Газпроминвестхолдинг» (дочерняя компания «Газпрома», занимается возвращением его дебиторской задолженности). На этом посту Усманову удалось вернуть под контроль «Газпрома» 100 % акций «Севернефтегазпрома», владеющего крупнейшим Южно-Русским месторождением, контрольные пакеты акций «Запсибгазпрома» и «Сибура», а также более 50 % акций «Стройтрансгаза».
В августе 2006 года Алишер Усманов как частное лицо приобрёл у партнёра Бориса Березовского и Бадри Патаркацишвили 100 % акций издательского дома «Коммерсантъ».
В конце 2006 стало известно, что Алишер Усманов ведёт переговоры о покупке 50 % акций российского спортивного телеканала 7ТВ. Канал войдёт в мультимедийный холдинг, основой которого стал «Коммерсантъ». В 2007 году 75 % акций канала Муз-ТВ также перешли в собственность Усманова.
В 2008 году, через общих знакомых с Алишером Усмановым познакомился Юрий Мильнер, и в августе Усманов становится акционером DST.
В мае 2008 года появилась информация о том, что Алишер Усманов договорился о покупке долей в российском операторе сотовой связи «МегаФон» у датского юриста Джеффри Гальмонда, причём по окончании сделки Усманов получит контроль над 31,1 % акций оператора мобильной связи. Ориентировочная сумма сделки — не менее $5 млрд.
В ноябре 2010 года Фонд Digital Sky Technologies, совладельцем которого является российский миллиардер Алишер Усманов, получил полный контроль над интернет-порталом Mail.Ru.
В конце августа 2007 стало известно, что компания Red and White Holding, совладельцем которой является Алишер Усманов (50 %) приобрел 14,58 % акций компании Arsenal Holdings, являющейся владельцем (100 %) лондонского футбольного клуба «Арсенал», за 75 млн фунтов стерлингов (около 150 млн долл.). К сентябрю 2007 он довёл свою долю в футбольном клубе до 21 %. Позднее в сентябре эта компания приобрела ещё 2 % акций Arsenal Holdings, сосредоточив у себя 23 % акций. Между Усмановым и американским спортивным магнатом Стэном Кренке продолжается своего рода конкуренция в деле наращивания своих долей в лондонском клубе. Конечной целью обоих бизнесменов является мажоритарное владение «Арсеналом».
С 6 декабря 2008 года — президент Международной федерации фехтования. По итогам голосования обогнал действующего президента FIE француза Рене Рока с преимуществом в пять голосов — 66:61.
С 28 апреля 2009 года — член Совета при Президенте Российской Федерации по развитию физической культуры и спорта, спорта высших достижений, подготовке и проведению XXII Олимпийских зимних игр и XI Паралимпийских зимних игр 2014 года в г. Сочи, XXVII Всемирной летней универсиады 2013 года в г. Казани.
Журнал Forbes в 2011 году оценил его состояние в $17,7 млрд (№ 35 в мире и № 5 в России).
В апреле 2010 года британская газета The Sunday Times включила Усманова в десятку богатейших людей Великобритании. Он расположился на шестой позиции в рейтинге с состоянием в размере 4,7 миллиарда фунтов (рост по сравнению с прошлым годом на 213 процентов).
Супруга — главный тренер сборной России по художественной гимнастике Ирина Винер.
Пасынок — Антон Винер — сын Ирины Винер от первого брака. Антон Винер владелец сети элитных соляриев «Сан и Сити» и основатель сети «Хивинская Чайхана „Урюк-Кафе“».
Среди близких родственников Алишера Усманова называется племянник — Бабур Усманов, который в мае 2009 года женился на Диере — племяннице премьер-министра Узбекистана Шавката Мирзиёева.
17 сентября 2007 предприниматель за день до начала аукциона Сотбис, за 72 млн долларов США приобрёл выставленную на продажу коллекцию искусства Мстислава Ростроповича и Галины Вишневской, состоящую из 450 лотов. С учётом налоговых и остальных выплат, сумма сделки составила 100 млн долларов США. Примечательно, что по предварительной оценке, стоимость коллекции составляла 26-40 млн долларов США. После покупки Усманов безвозмездно передал коллекцию российскому правительству, в данный момент она экспонируется в Константиновском дворце (Санкт-Петербург). Тогда же, в сентябре 2007 года Усманов выкупил у компании Олега Видова Films by Jove, Inc. исключительные права на коллекцию советских мультфильмов и передал её детскому каналу «Бибигон».
В мае 2011 года Усманов вошёл в пятёрку крупнейших британских благотворителей в рейтинге, составляем газетой The Sunday Times. По данным издания, заслуга этого — в финансировании предпринимателем фонда «Искусство и спорт»; общий объём благотворительных трат Усманова за прошедщий год составил около $126,5 млн.