Алистер МакЛин родился в Глазго в семье шотландского священника. Его родным языком был шотландский. Во время Второй мировой войны в 1941 году Алистер МакЛин поступил в Королевский флот. Он начинал службу в звании младшего матроса, потом матроса и старшего торпедиста. Сначала он нёс службу на колёсном пароходе «Королева Борнмута», оснащённом зенитными орудиями для защиты судов прибрежного плавания у берегов Великобритании и Шотландии.
В 1943 году он был переведён на крейсер «Роялист». На этом корабле Алистер МакЛин участвовал в двух полярных конвоях, в операциях против немецкого линкора «Тирпиц». В 1944 году он участвовал в высадке десанта в Южной Франции, в освобождении острова Крит, в боях в Эгейском море. В 1945 году Алистер Маклин участвует в боях на дальневосточном театре боевых действий против Японии. Проводились обстрелы целей в Бирме, Малайзии и на Суматре. После капитуляции Японии на крейсере «Роялист» из сингапурской тюрьмы были вывезены в Великобританию содержавшиеся там военнопленные.
В 1946 году Алистер Маклин уволился с флота и поступил в университет Глазго. В университете он изучал английский язык и после окончания в 1953 году стал работать школьным учителем. Ещё во время учёбы Алистер Маклин начал писать рассказы о морских приключениях. Издательство «Коллинз» попросило написать роман морской тематики. Этим романом стал роман «Корабль его величества „Улисс“», основанный на подлинных событиях Второй мировой войны и изданный в 1955 году. Роман пользовался большим успехом и вскоре Алистер Маклин смог полностью отдаться творчеству. Он писал романы морской, военно-морской и шпионской тематики. В начале 1960-х годов он, желая показать, что популярность его книг происходит из-за тем, а не благодаря имени автора, издал два романа под псевдонимом «Иан Стюарт». Но он не изменил стиль и читатели его быстро распознали. Целый ряд его произведений были экранизированы. Книги распродавались так хорошо, что возникли проблемы с налоговым управлением и Алистер Маклин покинул Великобританию, поселившись в Швейцарии. В 1963—1966 он не написал ни одной книги, так как занялся гостиничным бизнесом. За свою жизнь Алистер Маклин написал 28 романов.
Последние годы жизни Алистер Маклин страдал алкоголизмом и скончался в 1987 году в Мюнхене. Был похоронен в Швейцарии в городе Селиньи.
Алистер Маклин был дважды женат, от первого брака — трое сыновей.
Романы Маклина были весьма востребованы в Голливуде.