В 1918 году в числе других лиц сопровождал цесаревича Алексея и его сестёр Ольгу, Татьяну и Анастасию, которых везли на пароходе «Русь» из Тобольска в Тюмень, а оттуда на поезде в Екатеринбург. По прибытии, 24 мая 1918 года, заменил в «Доме Ипатьева» заболевшего и отправленного в тюремную больницу камердинера Чемодурова.
В ночь с 16 на 17 июля 1918 года расстрелян вместе с семьёй Николая II и другими слугами (лейб-медиком Боткиным, горничной Демидовой и поваром Харитоновым). Останки Алоизия Труппа в общем захоронении опознаны экспертизой 1991—1998 гг. 17 июля 1998 года похоронен в Петропавловском соборе Петербурга вместе с членами царской семьи и другими слугами. На гробе Труппа, в отличие от других гробов, был помещён католический четырёхконечный крест.
В 1981 году Алоизий Трупп был вместе со всеми жертвами екатеринбургского убийства канонизирован Русской Православной Церковью за рубежом (наряду с семьёй Николая II тогда же были канонизированы находившиеся при ней слуги, в том числе не только католик Алоизий Трупп, но и лютеранка гофлектрисса Екатерина Шнейдер, учительница императрицы Александры Фёдоровны, преподававшая ей русский язык, убитая большевиками 4 сентября 1918 года в Перми). Мотивом такого решения стали прецеденты канонизации жертв гонений на христиан, не принявших крещение (например, язычников, присоединявшихся к христианам во время казни - см. Сорок Севастийских мучеников).
Русская православная церковь Московского патриархата, канонизируя в 2000 году царскую семью, не упомянула в своем решении слуг, в том числе Алоизия Труппа.
30 октября 2009 года Генеральная прокуратура Российской Федерации приняла решение о реабилитации приближённых царской семьи, подвергшихся репрессиям после Революции. В числе реабилитированных находится и Алоизий Трупп.
В фильме «Романовы. Венценосная семья» (2000) роль Алоизия Труппа исполняет актёр Виктор Тейдер.