Альваро Перейра начал карьеру в 2003 году в клубе «Мирамар Мисьонес» из Монтевидео. Спустя сезон он перебрался в чемпионат Аргентины, где два сезона выступал за «Кильмес» и один сезон — за «Архентинос Хуниорс» (где за сезон он забил 11 голов, хотя и является типичным фланговым «бегуном»). Природная выносливость и работоспособность везде позволяли Перейре быть игроком основного состава, и практически не пропускать матчей своих команд.
Летом 2008 года Перейру приобрёл за 2,5 млн евро на тот момент действующий чемпион Румынии клуб ЧФР. Вместе со своей первой европейской командой Перейра довольно успешно выступил в Лиге Чемпионов 2008/09, а также завоевал Кубок Румынии. По окончании сезона права на Перейру перекупил куда более престижный и титулованный ФК «Порту». Сумма сделки составила уже 4,5 млн евро.
В 2011 году интерес к футболисту проявил «Челси», однако руководство «Порту» не пожелало продавать футболиста: «Мне сказали, что не хотят продавать меня, потому что не хотят разрушать команду. Мой агент сказал, что стороны просто не смогли договориться».
Перейра дебютировал за сборную Уругвая 19 ноября 2008 года в поединке против Франции (0:0). В 2009 году Альваро Перейра стал незаменимым игроком основы уругвайской национальной сборной — за этот год он принял участие в 10 матчах своей команды, включая игры в квалификационном турнире к ЧМ-2010.
На чемпионате мира 2010 года Альваро Перейра был одним из игроков основы, хотя в некоторых матчах он оставался в запасе. Полузащитник помог своей команде дойти до полуфинала турнира. В следующем году Палито Перейра стал одним из лучших игроков Кубка Америки, который сборная Уругвая выиграла в 15-й (рекордный) раз. Несмотря на свою позицию латераля, Перейра часто подключался к атакам и сумел в 6 матчах турнира забить 3 гола — больше забил в составе сборной Уругвая на том турнире лишь Луис Суарес — 4 гола.