Родился 12 сентября 1924 года в г. Бафата (Гвинея-Бисау). Отец его, Васко Кабрал, был чиновником и плантатором. Имя сыну дал в честь Гамилькара Барки, отца карфагенского полководца Ганнибала. Вообще Кабралы, как и все жители Кабо-Верде, относились к привилегированному слою в колонии и юридически приравнивались к португальцам. Окончил лицей на о. Сан Висенте и Высший агрономический институт в Лиссабоне (Португалия). Кабрал, с уважением относившийся к португальской культуре, говорил: «Португальский язык — это лучшее, что оставили нам португальцы».
В 1948 году подключился к национально-освободительной борьбе против португальских колонизаторов.
В 1956 году возглавил Африканскую партию независимости Гвинеи и островов Зелёного Мыса (ПАИГК).
С января 1963 года являлся председателем Военного совета революционных народных вооружённых сил (ФАРП). К 1967 ПАИГК контролировал до 80 % территории страны. Это были крупнейшие военные неудачи португальцев в борьбе с африканскими движениями. Кабрал требовал от бойцов не верить колдунам, помогать мирному населению.
В декабре 1972 года вместе с секретарем Президиума Верховного Совета Георгадзе прилетел в Крым на празднование 50-й годовщины создания СССР. Представлял ПАИГК на 23-м и 24-м съездах КПСС.
Около 23 часов 20 января 1973 года, возвращаясь домой после официального приёма в посольстве Польши в Конакри (Гвинея), Кабрал с женой и несколькими членами исполкома и ЦК ПАИГК был задержан группой неизвестных лиц. При задержании Кабрал был убит выстрелом в затылок, а остальных его спутников переправили из Конакри в Португальскую Гвинею, в город Бисау. Об этом сообщил командующий народной армии Гвинейской Республики Тумани Сангаре. Лица, задержавшие и застрелившие Кабрала, были выпускниками возглавляемого им Учебного центра, оказавшиеся агентами португальской разведки. Убийство Кабрала не остановило антиколониального движения. В 1973 году Португальская Гвинея стала независимым государством Гвинея-Бисау. Принято считать, что войну в Гвинее Португалия проиграла. Неудачи в Гвинее заставили португальских военных свергнуть фашистский режим в метрополии и признать независимость колоний.
Кабрал является автором многих работ по проблемам национально-освободительного движения, почётный доктор Института Африки АН СССР (1971).
Именем Амилкара Кабрала названа площадь в Москве, и футбольный кубок в Африке.